À propos de ce cours : An introduction to the statistics behind the most popular genomic data science projects. This is the sixth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
Créé par : Johns Hopkins University
Enseigné par : Jeff Leek, PhD, Associate Professor, Biostatistics
Bloomberg School of Public Health
| Informations de base | Cours 7 de 8 dans Genomic Data Science Specialization |
| Langue | English |
| Comment réussir | Réussissez tous les devoirs notés pour terminer le cours. |
| Notes des utilisateurs |
Programme de cours
SEMAINE 1
Module 1
This course is structured to hit the key conceptual ideas of normalization, exploratory analysis, linear modeling, testing, and multiple testing that arise over and over in genomic studies.
21 vidéos, 3 lectures
- Leitura: Syllabus
- Leitura: Pre Course Survey
- Leitura: Introduction and Materials
- Vidéo: What is Statistics?
- Vidéo: Finding Statistics You Can Trust (4:44)
- Vidéo: Getting Help (3:44)
- Vidéo: What is Data? (4:28)
- Vidéo: Representing Data (5:23)
- Vidéo: Module 1 Overview (1:07)
- Vidéo: Reproducible Research (3:42)
- Vidéo: Achieving Reproducible Research (5:02)
- Vidéo: R Markdown (6:26)
- Vidéo: The Three Tables in Genomics (2:10)
- Vidéo: The Three Tables in Genomics (in R) (3:46)
- Vidéo: Experimental Design: Variability, Replication, and Power (14:17)
- Vidéo: Experimental Design: Confounding and Randomization (9:26)
- Vidéo: Exploratory Analysis (9:21)
- Vidéo: Exploratory Analysis in R Part I (7:22)
- Vidéo: Exploratory Analysis in R Part II (10:07)
- Vidéo: Exploratory Analysis in R Part III (7:26)
- Vidéo: Data Transforms (7:31)
- Vidéo: Clustering (8:43)
- Vidéo: Clustering in R (9:09)
Noté: Module 1 Quiz
SEMAINE 2
Module 2
This week we will cover preprocessing, linear modeling, and batch effects.
14 vidéos
- Vidéo: Dimension Reduction (12:13)
- Vidéo: Dimension Reduction (in R) (8:48)
- Vidéo: Pre-processing and Normalization (11:26)
- Vidéo: Quantile Normalization (in R) (4:49)
- Vidéo: The Linear Model (6:50)
- Vidéo: Linear Models with Categorical Covariates (4:08)
- Vidéo: Adjusting for Covariates (4:16)
- Vidéo: Linear Regression in R (13:03)
- Vidéo: Many Regressions at Once (3:50)
- Vidéo: Many Regressions in R (7:21)
- Vidéo: Batch Effects and Confounders (7:11)
- Vidéo: Batch Effects in R: Part A (8:18)
- Vidéo: Batch Effects in R: Part B (3:50)
Noté: Module 2 Quiz
SEMAINE 3
Module 3
This week we will cover modeling non-continuous outcomes (like binary or count data), hypothesis testing, and multiple hypothesis testing.
15 vidéos
- Vidéo: Logistic Regression (7:03)
- Vidéo: Regression for Counts (5:02)
- Vidéo: GLMs in R (9:28)
- Vidéo: Inference (4:18)
- Vidéo: Null and Alternative Hypotheses (4:45)
- Vidéo: Calculating Statistics (5:11)
- Vidéo: Comparing Models (7:08)
- Vidéo: Calculating Statistics in R
- Vidéo: Permutation (3:26)
- Vidéo: Permutation in R (3:33)
- Vidéo: P-values (6:04)
- Vidéo: Multiple Testing (8:25)
- Vidéo: P-values and Multiple Testing in R: Part A (5:58)
- Vidéo: P-values and Multiple Testing in R: Part B (4:23)
Noté: Module 3 Quiz
SEMAINE 4
Module 4
In this week we will cover a lot of the general pipelines people use to analyze specific data types like RNA-seq, GWAS, ChIP-Seq, and DNA Methylation studies.
14 vidéos, 1 lecture
- Vidéo: Gene Set Enrichment (4:19)
- Vidéo: More Enrichment (3:59)
- Vidéo: Gene Set Analysis in R (7:43)
- Vidéo: The Process for RNA-seq (3:59)
- Vidéo: The Process for Chip-Seq (5:25)
- Vidéo: The Process for DNA Methylation (5:03)
- Vidéo: The Process for GWAS/WGS (6:12)
- Vidéo: Combining Data Types (eQTL) (6:04)
- Vidéo: eQTL in R (10:36)
- Vidéo: Researcher Degrees of Freedom (5:49)
- Vidéo: Inference vs. Prediction (8:52)
- Vidéo: Knowing When to Get Help (2:31)
- Vidéo: Statistics for Genomic Data Science Wrap-Up (1:53)
- Leitura: Post Course Survey
Noté: Module 4 Quiz
FAQ
Comment cela fonctionne
Trabalho
Cada curso é como um livro didático interativo, com vídeos pré-gravados, testes e projetos.
Ajuda dos seus colegas
Conecte-se com milhares de outros aprendizes, debata ideias, discuta sobre os materiais do curso e obtenha ajuda para dominar conceitos.
Certificados
Obtenha reconhecimento oficial pelo seu trabalho e compartilhe seu sucesso com amigos, colegas e empregadores.
Créateurs
Johns Hopkins University
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Tarification
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Notation et examens
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Enjoyed it. One of better courses I have taken in Coursera. A good introduction to using statistics in Bioconductor with genomics data.