An introduction to the statistics behind the most popular genomic data science projects. This is the sixth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
Ce cours fait partie de la Spécialisation Science des données génomiques
Statistics for Genomic Data Science
proposé par
À propos de ce cours
4.1
144 notes
Compétences que vous acquerrez
StatisticsData AnalysisR ProgrammingBiostatistics
Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours
Semaine
1Module 1
This course is structured to hit the key conceptual ideas of normalization, exploratory analysis, linear modeling, testing, and multiple testing that arise over and over in genomic studies.
21 vidéos (Total 129 min), 3 lectures, 1 quiz
21 vidéos
What is Statistics?2 min
Finding Statistics You Can Trust (4:44)4 min
Getting Help (3:44)3 min
What is Data? (4:28)4 min
Representing Data (5:23)5 min
Module 1 Overview (1:07)1 min
Reproducible Research (3:42)3 min
Achieving Reproducible Research (5:02)5 min
R Markdown (6:26)6 min
The Three Tables in Genomics (2:10)2 min
The Three Tables in Genomics (in R) (3:46)3 min
Experimental Design: Variability, Replication, and Power (14:17)14 min
Experimental Design: Confounding and Randomization (9:26)9 min
Exploratory Analysis (9:21)9 min
Exploratory Analysis in R Part I (7:22)7 min
Exploratory Analysis in R Part II (10:07)10 min
Exploratory Analysis in R Part III (7:26)7 min
Data Transforms (7:31)7 min
Clustering (8:43)8 min
Clustering in R (9:09)9 min
3 lectures
Syllabus10 min
Pre Course Survey10 min
Introduction and Materials10 min
1 exercice pour s'entraîner
Module 1 Quiz20 min
Semaine
2Module 2
This week we will cover preprocessing, linear modeling, and batch effects.
14 vidéos (Total 97 min), 1 quiz
14 vidéos
Dimension Reduction (12:13)12 min
Dimension Reduction (in R) (8:48)8 min
Pre-processing and Normalization (11:26)11 min
Quantile Normalization (in R) (4:49)4 min
The Linear Model (6:50)6 min
Linear Models with Categorical Covariates (4:08)4 min
Adjusting for Covariates (4:16)4 min
Linear Regression in R (13:03)13 min
Many Regressions at Once (3:50)3 min
Many Regressions in R (7:21)7 min
Batch Effects and Confounders (7:11)7 min
Batch Effects in R: Part A (8:18)8 min
Batch Effects in R: Part B (3:50)3 min
1 exercice pour s'entraîner
Module 2 Quiz20 min
Semaine
3Module 3
This week we will cover modeling non-continuous outcomes (like binary or count data), hypothesis testing, and multiple hypothesis testing.
15 vidéos (Total 86 min), 1 quiz
15 vidéos
Logistic Regression (7:03)7 min
Regression for Counts (5:02)5 min
GLMs in R (9:28)9 min
Inference (4:18)4 min
Null and Alternative Hypotheses (4:45)4 min
Calculating Statistics (5:11)5 min
Comparing Models (7:08)7 min
Calculating Statistics in R9 min
Permutation (3:26)3 min
Permutation in R (3:33)3 min
P-values (6:04)6 min
Multiple Testing (8:25)8 min
P-values and Multiple Testing in R: Part A (5:58)5 min
P-values and Multiple Testing in R: Part B (4:23)4 min
1 exercice pour s'entraîner
Module 3 Quiz20 min
Semaine
4Module 4
In this week we will cover a lot of the general pipelines people use to analyze specific data types like RNA-seq, GWAS, ChIP-Seq, and DNA Methylation studies.
14 vidéos (Total 74 min), 1 lecture, 1 quiz
14 vidéos
Gene Set Enrichment (4:19)4 min
More Enrichment (3:59)3 min
Gene Set Analysis in R (7:43)7 min
The Process for RNA-seq (3:59)3 min
The Process for Chip-Seq (5:25)5 min
The Process for DNA Methylation (5:03)5 min
The Process for GWAS/WGS (6:12)6 min
Combining Data Types (eQTL) (6:04)6 min
eQTL in R (10:36)10 min
Researcher Degrees of Freedom (5:49)5 min
Inference vs. Prediction (8:52)8 min
Knowing When to Get Help (2:31)2 min
Statistics for Genomic Data Science Wrap-Up (1:53)1 min
1 lecture
Post Course Survey10 min
1 exercice pour s'entraîner
Module 4 Quiz10 min
4.1
26 avis25%
a commencé une nouvelle carrière après avoir terminé ces cours
33%
a bénéficié d'un avantage concret dans sa carrière grâce à ce cours
25%
a obtenu une augmentation de salaire ou une promotion
Meilleurs avis
par ZM•Jun 28th 2018
The professor is really enthusiasm, so I was really impreesed by him. And his teaching is brief, and I can learn key points through the lectures. Great course!
par LR•May 23rd 2016
I have really enjoyed the course and I have learnt different concepts relevant for my current study.\n\nYurany
Enseignant
Jeff Leek, PhD
Associate Professor, BiostatisticsBloomberg School of Public Health
À propos de Université Johns-Hopkins
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
À propos de la Spécialisation Science des données génomiques
This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics.
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Foire Aux Questions
Quand aurai-je accès aux vidéos de cours et aux devoirs ?
Une fois que vous êtes inscrit(e) pour un Certificat, vous pouvez accéder à toutes les vidéos de cours, et à tous les quiz et exercices de programmation (le cas échéant). Vous pouvez soumettre des devoirs à examiner par vos pairs et en examiner vous-même uniquement après le début de votre session. Si vous préférez explorer le cours sans l'acheter, vous ne serez peut-être pas en mesure d'accéder à certains devoirs.
À quoi ai-je droit si je m'abonne à cette Spécialisation ?
Lorsque vous vous inscrivez au cours, vous bénéficiez d'un accès à tous les cours de la Spécialisation, et vous obtenez un Certificat lorsque vous avez réussi. Votre Certificat électronique est alors ajouté à votre page Accomplissements. À partir de cette page, vous pouvez imprimer votre Certificat ou l'ajouter à votre profil LinkedIn. Si vous souhaitez seulement lire et visualiser le contenu du cours, vous pouvez accéder gratuitement au cours en tant qu'auditeur libre.
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