Introduces to the commands that you need to manage and analyze directories, files, and large sets of genomic data. This is the fourth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
Ce cours fait partie de la Spécialisation Science des données génomiques
Command Line Tools for Genomic Data Science
proposé par
À propos de ce cours
4.2
244 notes
Compétences que vous acquerrez
BioinformaticsSamtoolsUnixCommand-Line Interface
Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours
Semaine
1Basic Unix Commands
In this module, you will be introduced to command Line Tools for Genomic Data Science
12 vidéos (Total 105 min), 5 lectures, 2 quiz
12 vidéos
Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths7 min
Basic Unix Commands 3: File Naming4 min
Basic Unix Commands 4: Content Creation9 min
Basic Unix Commands 5: Accessing Content I6 min
Basic Unix Commands 6: Accessing Content II4 min
Basic Unix Commands 7: Redirecting Content6 min
Basic Unix Commands 8: Querying Content15 min
Basic Unix Commands 9: Comparing Content11 min
Basic Unix Commands 10: Archiving Content13 min
Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I13 min
Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II9 min
5 lectures
Welcome Message10 min
Syllabus10 min
VMBox Download & Instructions10 min
Pre-Course Survey10 min
Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**10 min
2 exercices pour s'entraîner
Module 1 Quiz20 min
Module 1 Exam34 min
Semaine
2Week Two
In this module, we'll be taking a look at Sequences and Genomic Features in a sequence of 10 presentations.
11 vidéos (Total 127 min), 1 lecture, 2 quiz
11 vidéos
Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation11 min
Sequences and Genomic Features 3: Annotation14 min
Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I13 min
Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II9 min
Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features12 min
Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval5 min
Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I11 min
Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II9 min
Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I15 min
Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II15 min
1 lecture
Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**10 min
2 exercices pour s'entraîner
Module 2 Quiz20 min
Module 2 Exam40 min
Semaine
3Week Three
In this module, we'll be going over Alignment and Sequence Variation in another sequence of 8 presentations.
8 vidéos (Total 55 min), 1 lecture, 2 quiz
8 vidéos
Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools5 min
Alignment & Sequence Variation 3: VCF11 min
Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie9 min
Alignment & Sequence Variation 5: BWA 4 min
Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)6 min
Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools8 min
Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling5 min
1 lecture
Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**10 min
2 exercices pour s'entraîner
Module 3 Quiz20 min
Module 3 Exam48 min
Semaine
4Week Four
In this module, we'll be going over Tools for Transcriptomics in a sequence of 6 presentations.
8 vidéos (Total 75 min), 2 lectures, 2 quiz
8 vidéos
Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq7 min
Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I9 min
Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II 8 min
Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks10 min
Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff16 min
Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I8 min
Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II 6 min
2 lectures
Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**10 min
Post-Course Survey10 min
2 exercices pour s'entraîner
Module 4 Quiz20 min
Module 4 Exam10 min
4.2
73 avis50%
a commencé une nouvelle carrière après avoir terminé ces cours
43%
a bénéficié d'un avantage concret dans sa carrière grâce à ce cours
20%
a obtenu une augmentation de salaire ou une promotion
Meilleurs avis
par JJ•Jun 23rd 2018
Thank you very much Dr./Professor, Liliana Florea. I've learned a lot. It's a very good opportunity to improve my knowledge. This means a lot to me.
par GV•Mar 14th 2016
Very informative course. Because I am new to this, it was at times confusing. But overall, great teaching and great experience. Thank you.
Enseignant
Liliana Florea, PhD
Assistant ProfessorMcKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine
À propos de Université Johns-Hopkins
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
À propos de la Spécialisation Science des données génomiques
This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics.
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Foire Aux Questions
Quand aurai-je accès aux vidéos de cours et aux devoirs ?
Une fois que vous êtes inscrit(e) pour un Certificat, vous pouvez accéder à toutes les vidéos de cours, et à tous les quiz et exercices de programmation (le cas échéant). Vous pouvez soumettre des devoirs à examiner par vos pairs et en examiner vous-même uniquement après le début de votre session. Si vous préférez explorer le cours sans l'acheter, vous ne serez peut-être pas en mesure d'accéder à certains devoirs.
À quoi ai-je droit si je m'abonne à cette Spécialisation ?
Lorsque vous vous inscrivez au cours, vous bénéficiez d'un accès à tous les cours de la Spécialisation, et vous obtenez un Certificat lorsque vous avez réussi. Votre Certificat électronique est alors ajouté à votre page Accomplissements. À partir de cette page, vous pouvez imprimer votre Certificat ou l'ajouter à votre profil LinkedIn. Si vous souhaitez seulement lire et visualiser le contenu du cours, vous pouvez accéder gratuitement au cours en tant qu'auditeur libre.
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