À propos de ce cours
4.2
226 notes
67 avis
Spécialisation
100 % en ligne

100 % en ligne

Commencez dès maintenant et apprenez aux horaires qui vous conviennent.
Dates limites flexibles

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Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.
Heures pour terminer

Approx. 26 heures pour terminer

Recommandé : 7 hours/week...
Langues disponibles

Anglais

Sous-titres : Anglais

Compétences que vous acquerrez

BioinformaticsSamtoolsUnixCommand-Line Interface
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Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1
Heures pour terminer
3 heures pour terminer

Basic Unix Commands

In this module, you will be introduced to command Line Tools for Genomic Data Science...
Reading
12 videos (Total 105 min), 5 lectures, 2 quiz
Video12 vidéos
Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths7 min
Basic Unix Commands 3: File Naming4 min
Basic Unix Commands 4: Content Creation9 min
Basic Unix Commands 5: Accessing Content I6 min
Basic Unix Commands 6: Accessing Content II4 min
Basic Unix Commands 7: Redirecting Content6 min
Basic Unix Commands 8: Querying Content15 min
Basic Unix Commands 9: Comparing Content11 min
Basic Unix Commands 10: Archiving Content13 min
Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I13 min
Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II9 min
Reading5 lectures
Welcome Message10 min
Syllabus10 min
VMBox Download & Instructions10 min
Pre-Course Survey10 min
Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**10 min
Quiz2 exercices pour s'entraîner
Module 1 Quiz20 min
Module 1 Exam34 min
Semaine
2
Heures pour terminer
3 heures pour terminer

Week Two

In this module, we'll be taking a look at Sequences and Genomic Features in a sequence of 10 presentations. ...
Reading
11 videos (Total 127 min), 1 lecture, 2 quiz
Video11 vidéos
Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation11 min
Sequences and Genomic Features 3: Annotation14 min
Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I13 min
Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II9 min
Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features12 min
Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval5 min
Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I11 min
Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II9 min
Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I15 min
Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II15 min
Reading1 lecture
Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**10 min
Quiz2 exercices pour s'entraîner
Module 2 Quiz20 min
Module 2 Exam40 min
Semaine
3
Heures pour terminer
2 heures pour terminer

Week Three

In this module, we'll be going over Alignment and Sequence Variation in another sequence of 8 presentations....
Reading
8 videos (Total 55 min), 1 lecture, 2 quiz
Video8 vidéos
Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools5 min
Alignment & Sequence Variation 3: VCF11 min
Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie9 min
Alignment & Sequence Variation 5: BWA 4 min
Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)6 min
Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools8 min
Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling5 min
Reading1 lecture
Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**10 min
Quiz2 exercices pour s'entraîner
Module 3 Quiz20 min
Module 3 Exam48 min
Semaine
4
Heures pour terminer
3 heures pour terminer

Week Four

In this module, we'll be going over Tools for Transcriptomics in a sequence of 6 presentations....
Reading
8 videos (Total 75 min), 2 lectures, 2 quiz
Video8 vidéos
Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq7 min
Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I9 min
Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II 8 min
Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks10 min
Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff16 min
Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I8 min
Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II 6 min
Reading2 lectures
Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**10 min
Post-Course Survey10 min
Quiz2 exercices pour s'entraîner
Module 4 Quiz20 min
Module 4 Exam10 min
4.2
67 avisChevron Right
Orientation de carrière

33%

a commencé une nouvelle carrière après avoir terminé ces cours
Avantage de carrière

83%

a bénéficié d'un avantage concret dans sa carrière grâce à ce cours

Meilleurs avis

par JJJun 23rd 2018

Thank you very much Dr./Professor, Liliana Florea. I've learned a lot. It's a very good opportunity to improve my knowledge. This means a lot to me.

par GVMar 14th 2016

Very informative course. Because I am new to this, it was at times confusing. But overall, great teaching and great experience. Thank you.

Enseignant

Avatar

Liliana Florea, PhD

Assistant Professor
McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine

À propos de Johns Hopkins University

The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world....

À propos de la Spécialisation Genomic Data Science

This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics. To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit....
Genomic Data Science

Foire Aux Questions

  • Une fois que vous êtes inscrit(e) pour un Certificat, vous pouvez accéder à toutes les vidéos de cours, et à tous les quiz et exercices de programmation (le cas échéant). Vous pouvez soumettre des devoirs à examiner par vos pairs et en examiner vous-même uniquement après le début de votre session. Si vous préférez explorer le cours sans l'acheter, vous ne serez peut-être pas en mesure d'accéder à certains devoirs.

  • Lorsque vous vous inscrivez au cours, vous bénéficiez d'un accès à tous les cours de la Spécialisation, et vous obtenez un Certificat lorsque vous avez réussi. Votre Certificat électronique est alors ajouté à votre page Accomplissements. À partir de cette page, vous pouvez imprimer votre Certificat ou l'ajouter à votre profil LinkedIn. Si vous souhaitez seulement lire et visualiser le contenu du cours, vous pouvez accéder gratuitement au cours en tant qu'auditeur libre.

D'autres questions ? Visitez le Centre d'Aide pour les Etudiants.