Introduces to the commands that you need to manage and analyze directories, files, and large sets of genomic data. This is the fourth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
Ce cours fait partie de la Spécialisation Science des données génomiques
Offert par
Spécialisation Science des données génomiquesUniversité Johns-HopkinsÀ propos de ce cours
26,332 consultations récentes
Résultats de carrière des étudiants
50%
ont commencé une nouvelle carrière après avoir terminé ce cours
43%
ont bénéficié d'un avantage concret dans leur carrières grâce à ce cours
20%
a obtenu une augmentation de salaire ou une promotion
Certificat partageable
Obtenez un Certificat lorsque vous terminez
100 % en ligne
Commencez dès maintenant et apprenez aux horaires qui vous conviennent.
Cours 5 sur 8 dans le
Dates limites flexibles
Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.
Approx. 12 heures pour terminer
Anglais
Sous-titres : Français, Portugais (brésilien), Russe, Anglais, Espagnol
Compétences que vous acquerrez
BioinformaticsSamtoolsUnixCommand-Line Interface
Résultats de carrière des étudiants
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Dates limites flexibles
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Approx. 12 heures pour terminer
Anglais
Sous-titres : Français, Portugais (brésilien), Russe, Anglais, Espagnol
Offert par
Université Johns-Hopkins
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours
4 heures pour terminer
Basic Unix Commands
In this module, you will be introduced to command Line Tools for Genomic Data Science
4 heures pour terminer
12 vidéos (Total 105 min), 5 lectures, 2 quiz
12 vidéos
Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths7 min
Basic Unix Commands 3: File Naming4 min
Basic Unix Commands 4: Content Creation9 min
Basic Unix Commands 5: Accessing Content I6 min
Basic Unix Commands 6: Accessing Content II4 min
Basic Unix Commands 7: Redirecting Content6 min
Basic Unix Commands 8: Querying Content15 min
Basic Unix Commands 9: Comparing Content11 min
Basic Unix Commands 10: Archiving Content13 min
Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I13 min
Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II9 min
5 lectures
Welcome Message10 min
Syllabus10 min
VMBox Download & Instructions10 min
Pre-Course Survey10 min
Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**10 min
2 exercices pour s'entraîner
Module 1 Quiz30 min
Module 1 Exam30 min
3 heures pour terminer
Week Two
In this module, we'll be taking a look at Sequences and Genomic Features in a sequence of 10 presentations.
3 heures pour terminer
11 vidéos (Total 127 min), 1 lecture, 2 quiz
11 vidéos
Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation11 min
Sequences and Genomic Features 3: Annotation14 min
Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I13 min
Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II9 min
Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features12 min
Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval5 min
Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I11 min
Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II9 min
Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I15 min
Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II15 min
1 lecture
Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**10 min
2 exercices pour s'entraîner
Module 2 Quiz30 min
Module 2 Exam30 min
2 heures pour terminer
Week Three
In this module, we'll be going over Alignment and Sequence Variation in another sequence of 8 presentations.
2 heures pour terminer
8 vidéos (Total 55 min), 1 lecture, 2 quiz
8 vidéos
Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools5 min
Alignment & Sequence Variation 3: VCF11 min
Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie9 min
Alignment & Sequence Variation 5: BWA 4 min
Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)6 min
Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools8 min
Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling5 min
1 lecture
Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**10 min
2 exercices pour s'entraîner
Module 3 Quiz30 min
Module 3 Exam30 min
3 heures pour terminer
Week Four
In this module, we'll be going over Tools for Transcriptomics in a sequence of 6 presentations.
3 heures pour terminer
8 vidéos (Total 75 min), 2 lectures, 2 quiz
8 vidéos
Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq7 min
Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I9 min
Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II 8 min
Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks10 min
Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff16 min
Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I8 min
Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II 6 min
2 lectures
Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**10 min
Post-Course Survey10 min
2 exercices pour s'entraîner
Module 4 Quiz30 min
Module 4 Exam30 min
Avis
Meilleurs avis pour COMMAND LINE TOOLS FOR GENOMIC DATA SCIENCE
par CW5 août 2020
There were some typos and confusion about the need not to follow the example code for Exam 4. However, I thought that the course was good and useful overall.\n\nThank You!
par SC17 oct. 2016
Th lecturer could be a little more engaging and the materials used during classes, if made available would help following it better, by replicating the examples being shown.
par LS23 avr. 2020
Some explanations are4 not completely clear. A good summary of what every tools does and of which rools should be used to tackle which situation would really beneficial
par AD26 août 2018
Very informative course. Only downside is that the example datasets/scripts are not provided (which I tend to find to be useful for learning informatics).
À propos du Spécialisation Science des données génomiques
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
Foire Aux Questions
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L’accès à des vidéos de cours et des devoirs dépend de votre type d’inscription. Si vous suivez un cours en mode auditeur libre, vous pourrez voir la plupart des contenus de cours gratuitement. Pour accéder aux devoirs notés et obtenir un certificat, vous devrez acheter une expérience de certificat, pendant ou après avoir assister au cours en tant qu’auditeur libre. Si vous ne visualisez pas l’option auditeur libre :
- Il est possible que le cours ne propose pas d’option auditeur libre. Vous pouvez en revanche accéder à un essai gratuit ou faire une demande d'aide financière.
- Le cours propose peut-être « Cours complet, aucun certificat » à la place. Cette option vous permet de voir tous les contenus de cours, de soumettre les évaluations requises et d'obtenir une note finale. Cependant, vous ne pourrez pas acheter une expérience de certificat.
À quoi ai-je droit si je m'abonne à cette Spécialisation ?
Lorsque vous vous inscrivez au cours, vous bénéficiez d'un accès à tous les cours de la Spécialisation, et vous obtenez un Certificat lorsque vous avez réussi. Votre Certificat électronique est alors ajouté à votre page Accomplissements. À partir de cette page, vous pouvez imprimer votre Certificat ou l'ajouter à votre profil LinkedIn. Si vous souhaitez seulement lire et visualiser le contenu du cours, vous pouvez accéder gratuitement au cours en tant qu'auditeur libre.
Is financial aid available?
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Puis-je obtenir des crédits universitaires si je réussis le Cours ?
Ce Cours n'est pas associé à des crédits universitaires, mais certaines universités peuvent décider d'accepter des Certificats de Cours pour des crédits. Vérifiez-le auprès de votre établissement pour en savoir plus. Les Diplômes en ligne et les Certificats Mastertrack™ sur Coursera apportent la possibilité d'obtenir des crédits universitaires.
D'autres questions ? Visitez le Centre d'Aide pour les Etudiants.
