À propos de ce cours
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Approx. 17 heures pour terminer

Anglais

Sous-titres : Anglais

Compétences que vous acquerrez

BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming

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Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1
3 heures pour terminer

Week One

16 vidéos (Total 126 min), 3 lectures, 1 quiz
16 vidéos
Installing R on A Mac 2 min
Installing R Studio on a Mac 1 min
What is Bioconductor7 min
Installing Bioconductor3 min
The Bioconductor Website9 min
Useful Online Resources5 min
R Base Types18 min
GRanges - Overview4 min
IRanges - Basic Usage12 min
GenomicRanges - GRanges8 min
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8 min
GenomicRanges - seqinfo6 min
AnnotationHub8 min
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112 min
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213 min
3 lectures
Welcome10 min
Syllabus10 min
Pre Course Survey10 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 120 min
Semaine
2
2 heures pour terminer

Week Two

8 vidéos (Total 81 min), 1 quiz
8 vidéos
BSgenome6 min
Biostrings - Matching6 min
BSgenome - Views9 min
GenomicRanges - Rle12 min
GenomicRanges - Lists6 min
GenomicFeatures18 min
rtracklayer - Data Import14 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 220 min
Semaine
3
2 heures pour terminer

Week Three

9 vidéos (Total 79 min), 1 quiz
9 vidéos
Annotation Overview4 min
ExpressionSet Overview4 min
ExpressionSet9 min
SummarizedExperiment7 min
GEOquery6 min
biomaRt13 min
R S4 Classes16 min
R S4 Methods10 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 320 min
Semaine
4
2 heures pour terminer

Week Four

7 vidéos (Total 81 min), 1 lecture, 1 quiz
7 vidéos
Short Read4 min
Rsamtools12 min
oligo14 min
limma16 min
minfi11 min
Count-based RNA-seq analysis15 min
1 lecture
Post Course Survey10 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 420 min
4.0
38 avisChevron Right

Meilleurs avis pour Bioconductor pour la science des données génomiques

par GKAug 28th 2019

Before you can run, you must learn to walk.\n\nKasper's well paced tutorials will give you confidence using the tools you need for genomic study.

par MAMar 12th 2016

Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.

Enseignant

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Kasper Daniel Hansen, PhD

Assistant Professor, Biostatistics and Genetic Medicine
Bloomberg School of Public Health

À propos de Université Johns-Hopkins

The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world....

À propos du Spécialisation Science des données génomiques

With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome. This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy. This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work. To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit. Please note that you will not receive a Certificate of Completion if you choose to Audit....
Science des données génomiques

Foire Aux Questions

  • Une fois que vous êtes inscrit(e) pour un Certificat, vous pouvez accéder à toutes les vidéos de cours, et à tous les quiz et exercices de programmation (le cas échéant). Vous pouvez soumettre des devoirs à examiner par vos pairs et en examiner vous-même uniquement après le début de votre session. Si vous préférez explorer le cours sans l'acheter, vous ne serez peut-être pas en mesure d'accéder à certains devoirs.

  • Lorsque vous vous inscrivez au cours, vous bénéficiez d'un accès à tous les cours de la Spécialisation, et vous obtenez un Certificat lorsque vous avez réussi. Votre Certificat électronique est alors ajouté à votre page Accomplissements. À partir de cette page, vous pouvez imprimer votre Certificat ou l'ajouter à votre profil LinkedIn. Si vous souhaitez seulement lire et visualiser le contenu du cours, vous pouvez accéder gratuitement au cours en tant qu'auditeur libre.

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