À propos de ce cours
4.0
148 notes
33 avis
Spécialisation
100 % en ligne

100 % en ligne

Commencez dès maintenant et apprenez aux horaires qui vous conviennent.
Dates limites flexibles

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Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.
Heures pour terminer

Approx. 16 heures pour terminer

Recommandé : 6 hours/week...
Langues disponibles

Anglais

Sous-titres : Anglais

Compétences que vous acquerrez

BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming
Spécialisation
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Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1
Heures pour terminer
3 heures pour terminer

Week One

The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses....
Reading
16 vidéos (Total 126 min), 3 lectures, 1 quiz
Video16 vidéos
Installing R on A Mac 2 min
Installing R Studio on a Mac 1 min
What is Bioconductor7 min
Installing Bioconductor3 min
The Bioconductor Website9 min
Useful Online Resources5 min
R Base Types18 min
GRanges - Overview4 min
IRanges - Basic Usage12 min
GenomicRanges - GRanges8 min
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8 min
GenomicRanges - seqinfo6 min
AnnotationHub8 min
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112 min
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213 min
Reading3 lectures
Welcome10 min
Syllabus10 min
Pre Course Survey10 min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Quiz 120 min
Semaine
2
Heures pour terminer
2 heures pour terminer

Week Two

In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads....
Reading
8 vidéos (Total 81 min), 1 quiz
Video8 vidéos
BSgenome6 min
Biostrings - Matching6 min
BSgenome - Views9 min
GenomicRanges - Rle12 min
GenomicRanges - Lists6 min
GenomicFeatures18 min
rtracklayer - Data Import14 min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Quiz 220 min
Semaine
3
Heures pour terminer
2 heures pour terminer

Week Three

In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4....
Reading
9 vidéos (Total 79 min), 1 quiz
Video9 vidéos
Annotation Overview4 min
ExpressionSet Overview4 min
ExpressionSet9 min
SummarizedExperiment7 min
GEOquery6 min
biomaRt13 min
R S4 Classes16 min
R S4 Methods10 min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Quiz 320 min
Semaine
4
Heures pour terminer
2 heures pour terminer

Week Four

In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi...
Reading
7 vidéos (Total 81 min), 1 lecture, 1 quiz
Video7 vidéos
Short Read4 min
Rsamtools12 min
oligo14 min
limma16 min
minfi11 min
Count-based RNA-seq analysis15 min
Reading1 lecture
Post Course Survey10 min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Quiz 420 min
4.0
33 avisChevron Right

Meilleurs avis

par MAMar 12th 2016

Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.

par ABApr 12th 2018

Amazing course, motivated me to use bio conductor for descriptive seq studies of DNA.

Enseignant

Avatar

Kasper Daniel Hansen, PhD

Assistant Professor, Biostatistics and Genetic Medicine
Bloomberg School of Public Health

À propos de Johns Hopkins University

The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world....

À propos de la Spécialisation Genomic Data Science

This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics. To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit....
Genomic Data Science

Foire Aux Questions

  • Une fois que vous êtes inscrit(e) pour un Certificat, vous pouvez accéder à toutes les vidéos de cours, et à tous les quiz et exercices de programmation (le cas échéant). Vous pouvez soumettre des devoirs à examiner par vos pairs et en examiner vous-même uniquement après le début de votre session. Si vous préférez explorer le cours sans l'acheter, vous ne serez peut-être pas en mesure d'accéder à certains devoirs.

  • Lorsque vous vous inscrivez au cours, vous bénéficiez d'un accès à tous les cours de la Spécialisation, et vous obtenez un Certificat lorsque vous avez réussi. Votre Certificat électronique est alors ajouté à votre page Accomplissements. À partir de cette page, vous pouvez imprimer votre Certificat ou l'ajouter à votre profil LinkedIn. Si vous souhaitez seulement lire et visualiser le contenu du cours, vous pouvez accéder gratuitement au cours en tant qu'auditeur libre.

D'autres questions ? Visitez le Centre d'Aide pour les Etudiants.