Learn to use tools from the Bioconductor project to perform analysis of genomic data. This is the fifth course in the Genomic Big Data Specialization from Johns Hopkins University.
Offert par
Spécialisation Science des données génomiquesUniversité Johns-HopkinsÀ propos de ce cours
17,751 consultations récentes
Certificat partageable
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100 % en ligne
Commencez dès maintenant et apprenez aux horaires qui vous conviennent.
Cours 6 sur 8 dans le
Dates limites flexibles
Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.
Approx. 9 heures pour terminer
Anglais
Sous-titres : Français, Portugais (brésilien), Russe, Anglais, Espagnol
Compétences que vous acquerrez
BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming
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Anglais
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Offert par
Université Johns-Hopkins
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours
3 heures pour terminer
Week One
The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses.
3 heures pour terminer
16 vidéos (Total 126 min), 3 lectures, 1 quiz
16 vidéos
Installing R on Windows 3 min
Installing R on A Mac 2 min
Installing R Studio on a Mac 1 min
What is Bioconductor7 min
Installing Bioconductor3 min
The Bioconductor Website9 min
Useful Online Resources5 min
R Base Types18 min
GRanges - Overview4 min
IRanges - Basic Usage12 min
GenomicRanges - GRanges8 min
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8 min
GenomicRanges - seqinfo6 min
AnnotationHub8 min
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112 min
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213 min
3 lectures
Welcome10 min
Syllabus10 min
Pre Course Survey10 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 130 min
2 heures pour terminer
Week Two
In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads.
2 heures pour terminer
8 vidéos (Total 81 min)
8 vidéos
Biostrings7 min
BSgenome6 min
Biostrings - Matching6 min
BSgenome - Views9 min
GenomicRanges - Rle12 min
GenomicRanges - Lists6 min
GenomicFeatures18 min
rtracklayer - Data Import14 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 230 min
2 heures pour terminer
Week Three
In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4.
2 heures pour terminer
9 vidéos (Total 79 min)
9 vidéos
Basic Data Types4 min
Annotation Overview4 min
ExpressionSet Overview4 min
ExpressionSet9 min
SummarizedExperiment7 min
GEOquery6 min
biomaRt13 min
R S4 Classes16 min
R S4 Methods10 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 330 min
2 heures pour terminer
Week Four
In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi
2 heures pour terminer
7 vidéos (Total 81 min), 1 lecture, 1 quiz
7 vidéos
Short Read4 min
Rsamtools12 min
oligo14 min
limma16 min
minfi11 min
Count-based RNA-seq analysis15 min
1 lecture
Post Course Survey10 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 430 min
Avis
Meilleurs avis pour BIOCONDUCTOR POUR LA SCIENCE DES DONNÉES GÉNOMIQUES
par JK30 août 2016
I think it is a good class overall but the pace is fast and the resources that can help you is lacking. This will be good for someone who already kind of understands bioconductor.
par GK27 août 2019
Before you can run, you must learn to walk. Kasper's well paced tutorials will give you confidence using the tools you need for genomic study.
par MA11 mars 2016
Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.
par AB11 avr. 2018
Amazing course, motivated me to use bio conductor for descriptive seq studies of DNA.
À propos du Spécialisation Science des données génomiques
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
Foire Aux Questions
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L’accès à des vidéos de cours et des devoirs dépend de votre type d’inscription. Si vous suivez un cours en mode auditeur libre, vous pourrez voir la plupart des contenus de cours gratuitement. Pour accéder aux devoirs notés et obtenir un certificat, vous devrez acheter une expérience de certificat, pendant ou après avoir assister au cours en tant qu’auditeur libre. Si vous ne visualisez pas l’option auditeur libre :
- Il est possible que le cours ne propose pas d’option auditeur libre. Vous pouvez en revanche accéder à un essai gratuit ou faire une demande d'aide financière.
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À quoi ai-je droit si je m'abonne à cette Spécialisation ?
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Is financial aid available?
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D'autres questions ? Visitez le Centre d'Aide pour les Etudiants.
