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Compétences que vous acquerrez

BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming
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Offert par

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Université Johns-Hopkins

Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1

Semaine 1

3 heures pour terminer

Week One

3 heures pour terminer
16 vidéos (Total 126 min), 3 lectures, 1 quiz
16 vidéos
Installing R on A Mac 2 min
Installing R Studio on a Mac 1 min
What is Bioconductor7 min
Installing Bioconductor3 min
The Bioconductor Website9 min
Useful Online Resources5 min
R Base Types18 min
GRanges - Overview4 min
IRanges - Basic Usage12 min
GenomicRanges - GRanges8 min
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8 min
GenomicRanges - seqinfo6 min
AnnotationHub8 min
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112 min
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213 min
3 lectures
Welcome10 min
Syllabus10 min
Pre Course Survey10 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 130 min
Semaine
2

Semaine 2

2 heures pour terminer

Week Two

2 heures pour terminer
8 vidéos (Total 81 min)
8 vidéos
BSgenome6 min
Biostrings - Matching6 min
BSgenome - Views9 min
GenomicRanges - Rle12 min
GenomicRanges - Lists6 min
GenomicFeatures18 min
rtracklayer - Data Import14 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 230 min
Semaine
3

Semaine 3

2 heures pour terminer

Week Three

2 heures pour terminer
9 vidéos (Total 79 min)
9 vidéos
Annotation Overview4 min
ExpressionSet Overview4 min
ExpressionSet9 min
SummarizedExperiment7 min
GEOquery6 min
biomaRt13 min
R S4 Classes16 min
R S4 Methods10 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 330 min
Semaine
4

Semaine 4

2 heures pour terminer

Week Four

2 heures pour terminer
7 vidéos (Total 81 min), 1 lecture, 1 quiz
7 vidéos
Short Read4 min
Rsamtools12 min
oligo14 min
limma16 min
minfi11 min
Count-based RNA-seq analysis15 min
1 lecture
Post Course Survey10 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 430 min

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