This course introduces you to the basic biology of modern genomics and the experimental tools that we use to measure it. We'll introduce the Central Dogma of Molecular Biology and cover how next-generation sequencing can be used to measure DNA, RNA, and epigenetic patterns. You'll also get an introduction to the key concepts in computing and data science that you'll need to understand how data from next-generation sequencing experiments are generated and analyzed.
This is the first course in the Genomic Data Science Specialization.
Ce cours fait partie de la Spécialisation Genomic Data Science
Introduction to Genomic Technologies
proposé par
À propos de ce cours
4.5
1,304 notes
Compétences que vous acquerrez
BioinformaticsStatisticsData ScienceComputational Biology
Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours
Semaine
1Overview
In this Module, you can expect to study topics of "Just enough molecular biology", "The genome", "Writing a DNA sequence", "Central dogma", "Transcription", "Translation", and "DNA structure and modifications".
8 vidéos (Total 81 min), 2 lectures, 1 quiz
8 vidéos
Why Genomics?12 min
What Is Genomics?7 min
What Is Genomic Data Science?8 min
Just Enough Cell Biology8 min
Important Molecules in Molecular Biology7 min
The Human Genome Project17 min
Molecular Biology Structures9 min
From Genes to Phenotypes9 min
2 lectures
Syllabus10 min
Pre-Course Survey10 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 1: Overview and Molecular Biology20 min
Semaine
2Measurement Technology
In this module, you'll learn about polymerase chain reaction, next generation sequencing, and applications of sequencing.
3 vidéos (Total 25 min), 1 quiz
3 vidéos
Next Generation Sequencing7 min
Applications of Sequencing8 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 2: Measurement Technology20 min
Semaine
3Computing Technology
The lectures for this module cover a few basic topics in computing technology. We'll go over the foundations of computer science, algorithms, memory and data structures, efficiency, software engineering, and computational biology software.
6 vidéos (Total 39 min), 1 quiz
6 vidéos
Algorithms4 min
Memory and Data Structures6 min
Efficiency3 min
Software Engineering8 min
What is Computational Biology Software11 min
1 exercice pour s'entraîner
Quiz 3: Computing Technology20 min
Semaine
4Data Science Technology
In this module on Data Science Technology, we'll be covering quite a lot of information about how to handle the data produced during the sequencing process. We'll cover reproducibility, analysis, statistics, question types, the central dogma of inference, analysis code, testing, prediction, variation, experimental design, confounding, power, sample size, correlation, causation, and degrees of freedom.
10 vidéos (Total 55 min), 2 lectures, 2 quiz
10 vidéos
What Went Wrong?4 min
The Central Dogma of Statistics3 min
Data Sharing Plans4 min
Getting Help with Statistics2 min
Plotting Your Data5 min
Sample Size and Variability7 min
Statistical Significance6 min
Multiple Testing7 min
Study Design, Batch Effects, and Confounding7 min
2 lectures
Course Project Instructions and Reading10 min
Post-Course Survey10 min
2 exercices pour s'entraîner
Quiz 4: Data Science Technology20 min
Course Project20 min
4.5
231 avis30%
83%
Meilleurs avis
par KK•Nov 21st 2017
Relatively nice introduction course, contents are maybe rather limited, yet as an instructive course, it does provide a clear overview which correlates well with the required answers for the quizzes!
par MR•Jun 13th 2016
Very good introductory course. It's a lot of material to cover for a newbie, but if you have some background, you will find you progress pretty quickly. Enjoyable, engaging, fun and useful.
Enseignants
Steven Salzberg, PhD
ProfessorBiomedical Engineering, Computer Science, and Biostatistics
Jeff Leek, PhD
Associate Professor, BiostatisticsBloomberg School of Public Health
À propos de Johns Hopkins University
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
À propos de la Spécialisation Genomic Data Science
This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics.
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Foire Aux Questions
Quand aurai-je accès aux vidéos de cours et aux devoirs ?
Une fois que vous êtes inscrit(e) pour un Certificat, vous pouvez accéder à toutes les vidéos de cours, et à tous les quiz et exercices de programmation (le cas échéant). Vous pouvez soumettre des devoirs à examiner par vos pairs et en examiner vous-même uniquement après le début de votre session. Si vous préférez explorer le cours sans l'acheter, vous ne serez peut-être pas en mesure d'accéder à certains devoirs.
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