In previous courses in the Specialization, we have discussed how to sequence and compare genomes. This course will cover advanced topics in finding mutations lurking within DNA and proteins.
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Spécialisation BioinformatiqueUniversité de Californie à San DiegoÀ propos de ce cours
8,821 consultations récentes
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Cours 6 sur 7 dans le
Dates limites flexibles
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Niveau débutant
Approx. 23 heures pour terminer
Anglais
Sous-titres : Anglais
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Niveau débutant
Approx. 23 heures pour terminer
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Université de Californie à San Diego
UC San Diego is an academic powerhouse and economic engine, recognized as one of the top 10 public universities by U.S. News and World Report. Innovation is central to who we are and what we do. Here, students learn that knowledge isn't just acquired in the classroom—life is their laboratory.
Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours
4 heures pour terminer
Week 1: Introduction to Read Mapping
<p>Welcome to our class! We are glad that you decided to join us.</p><p>In this class, we will consider the following two central biological questions (the computational approaches needed to solve them are shown in parentheses):</p><ol><li>How Do We Locate Disease-Causing Mutations? (<em>Combinatorial Pattern Matching</em>)</li><li>Why Have Biologists Still Not Developed an HIV Vaccine? (<em>Hidden Markov Models</em>)</li></ol><p>As in previous courses, each of these two chapters is accompanied by a Bioinformatics Cartoon created by talented artist Randall Christopher and serving as a chapter header in the Specialization's bestselling <a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">print companion</a>. You can find the first chapter's cartoon at the bottom of this message. </p><p><img src="https://stepic.org/media/attachments/lessons/292/chapter7_cropped.jpg" title="Image: https://stepic.org/media/attachments/lessons/292/chapter7_cropped.jpg" width="528"></p>
4 heures pour terminer
4 vidéos (Total 33 min), 2 lectures, 3 quiz
4 vidéos
Why Do We Map Reads? 7 min
Using the Trie 10 min
From a Trie to a Suffix Tree 11 min
2 lectures
Course Details10 min
Week 1 FAQs (Optional)
1 exercice pour s'entraîner
How Do We Find Disease-Causing Mutations? (Week 1)15 min
4 heures pour terminer
Week 2: The Burrows-Wheeler Transform
<p>Welcome to week 2 of the class!</p>
4 heures pour terminer
3 vidéos (Total 21 min), 1 lecture, 2 quiz
3 vidéos
Inverting Burrows-Wheeler 13 min
Using Burrows-Wheeler for Pattern Matching 2 min
1 lecture
Week 2 FAQs (Optional)
4 heures pour terminer
Week 3: Speeding Up Burrows-Wheeler Read Mapping
<p>Welcome to week 3 of class!</p>
4 heures pour terminer
4 vidéos (Total 22 min), 1 lecture, 3 quiz
4 vidéos
Setting Up Checkpoints 8 min
Inexact Matching 6 min
Further Applications of Read Mapping 2 min
1 lecture
Week 3 FAQs (Optional)
1 exercice pour s'entraîner
How Do We Find Disease-Causing Mutations? (Weeks 2-3)20 min
4 heures pour terminer
Week 4: Introduction to Hidden Markov Models
<p>Welcome to week 4 of class!</p>
4 heures pour terminer
5 vidéos (Total 42 min)
5 vidéos
Gambling with Yakuza 12 min
From a Crooked Casino to a Hidden Markov Model 9 min
The Decoding Problem 5 min
The Viterbi Algorithm 7 min
Avis
Meilleurs avis pour FINDING MUTATIONS IN DNA AND PROTEINS (BIOINFORMATICS VI)
par TK28 juin 2016
One of the best specialization on Coursera. Highly recommended for anyone who wants to apply his/her programming skills to fascinating real-world problems.
par DC15 sept. 2018
Really enjoyed this course. It was great to get to build on work from previous courses.
par RG13 avr. 2020
It was probably my favorite in this specialization (at least, out of first six).
par JM22 juin 2020
Really loved learning about suffix trees/arrays, BWT, Pattern matching, HMMs!
À propos du Spécialisation Bioinformatique
Join Us in a Top 50 MOOC of All Time!
How do we sequence and compare genomes? How do we identify the genetic basis for disease? How do we construct an evolutionary Tree of Life for all species on Earth?
When you complete this Specialization, you will learn how to answer many questions in modern biology that have become inseparable from the computational approaches used to solve them. You will also obtain a toolkit of existing software resources built on these computational approaches and that are used by thousands of biologists every day in one of the fastest growing fields in science.
Although this Specialization centers on computational topics, you do not need to know how to program in order to complete it. If you are interested in programming, we feature an "Honors Track" (called "hacker track" in previous runs of the course). The Honors Track allows you to implement the bioinformatics algorithms that you will encounter along the way in dozens of automatically graded coding challenges. By completing the Honors Track, you will be a bioinformatics software professional!
Learn more about the Bioinformatics Specialization (including why we are wearing these crazy outfits) by watching our introductory video.
You can purchase the Specialization's print companion, Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach, from the textbook website.
Our first course, "Finding Hidden Messages in DNA", was named a top-50 MOOC of all time by Class Central!
Foire Aux Questions
Quand aurai-je accès aux vidéos de cours et aux devoirs ?
L’accès à des vidéos de cours et des devoirs dépend de votre type d’inscription. Si vous suivez un cours en mode auditeur libre, vous pourrez voir la plupart des contenus de cours gratuitement. Pour accéder aux devoirs notés et obtenir un certificat, vous devrez acheter une expérience de certificat, pendant ou après avoir assister au cours en tant qu’auditeur libre. Si vous ne visualisez pas l’option auditeur libre :
- Il est possible que le cours ne propose pas d’option auditeur libre. Vous pouvez en revanche accéder à un essai gratuit ou faire une demande d'aide financière.
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À quoi ai-je droit si je m'abonne à cette Spécialisation ?
Lorsque vous vous inscrivez au cours, vous bénéficiez d'un accès à tous les cours de la Spécialisation, et vous obtenez un Certificat lorsque vous avez réussi. Votre Certificat électronique est alors ajouté à votre page Accomplissements. À partir de cette page, vous pouvez imprimer votre Certificat ou l'ajouter à votre profil LinkedIn. Si vous souhaitez seulement lire et visualiser le contenu du cours, vous pouvez accéder gratuitement au cours en tant qu'auditeur libre.
Quelle est la politique de remboursement ?
Si vous vous abonnez, vous bénéficiez d'une période d'essai gratuite de 7 jours, durant laquelle vous pouvez annuler votre abonnement sans pénalité. Ensuite, nous n'accordons plus de remboursements, mais vous pouvez annuler votre abonnement à tout instant. Consultez notre politique de remboursement complète.
Une aide financière est-elle possible ?
Oui, Coursera offre une Aide Financière aux étudiants qui n'ont pas les moyens d'acquitter les frais. Demandez-la en cliquant sur le lien Aide Financière sous le bouton S'inscrire situé à gauche. Vous devrez remplir un formulaire de demande et vous serez averti(e) si elle est acceptée. Vous devrez répéter cette procédure pour chaque cours de la Spécialisation, y compris pour le Projet Final. En savoir plus.
D'autres questions ? Visitez le Centre d'Aide pour les Etudiants.
