À propos de ce cours
4.8
158 notes
34 avis
Spécialisation

Cours 2 sur 7 dans la

100 % en ligne

100 % en ligne

Commencez dès maintenant et apprenez aux horaires qui vous conviennent.
Dates limites flexibles

Dates limites flexibles

Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.
Niveau débutant

Niveau débutant

Heures pour terminer

Approx. 15 heures pour terminer

Recommandé : 3 hours/week...
Langues disponibles

Anglais

Sous-titres : Anglais, Chinois (simplifié)...

Compétences que vous acquerrez

AlgorithmsPython ProgrammingWhole Genome SequencingDynamic Programming
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Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1
Heures pour terminer
4 heures pour terminer

Week 1: Introduction to Genome Sequencing

<p>Welcome to class!</p><p>This course will focus on two questions at the forefront of modern computational biology, along with the algorithmic approaches we will use to solve them in parentheses:</p><ol><li>Weeks 1-2: How Do We Assemble Genomes? (<i>Graph Algorithms</i>)</li><li>How Do We Sequence Antibiotics? (<i>Brute Force Algorithms</i>)</li></ol><p>Each of the two chapters of content in the class is accompanied by a Bioinformatics Cartoon created by talented San Diego artist Randall Christopher and serving as a chapter header in the Specialization's bestselling <a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">print companion</a>. You can find the first chapter's cartoon at the bottom of this message. What does a time machine trip to 1735, a stack of newspapers, a jigsaw puzzle, and a giant ant invading a riverside city have to do with putting together a genome? Start learning today to find out!</p><p><img src="https://d396qusza40orc.cloudfront.net/bioinformatics%2Fimages%2Fchapter4_final_lr.jpg" title="Image: https://d396qusza40orc.cloudfront.net/bioinformatics%2Fimages%2Fchapter4_final_lr.jpg" width="528"></p>...
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8 vidéos (Total 36 min), 2 lectures, 3 quiz
Video8 vidéos
FIELD TRIP!4 min
What Is Genome Sequencing?6 min
Exploding Newspapers4 min
The String Reconstruction Problem3 min
String Reconstruction as a Hamiltonian Path Problem3 min
String Reconstruction as an Eulerian Path Problem5 min
Similar Problems with Different Fates 3 min
Reading2 lectures
Course Details10 min
Week 1 FAQs (Optional) min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Week 1 Quiz15 min
Semaine
2
Heures pour terminer
3 heures pour terminer

Week 2: Applying Euler's Theorem to Assemble Genomes

<p>Welcome to Week 2 of class!</p> <p>This week in class, we will see how a 300 year-old mathematical theorem will help us assemble a genome from millions of tiny pieces of DNA.</p>...
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5 vidéos (Total 28 min), 1 lecture, 3 quiz
Video5 vidéos
Euler's Theorem 6 min
Assembling Read-Pairs 8 min
De Bruijn Graphs Face Harsh Realities of Assembly 4 min
Returning to Konigsberg 1 min
Reading1 lecture
Week 2 FAQs (Optional) min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Week 2 Quiz15 min
Semaine
3
Heures pour terminer
4 heures pour terminer

Week 3: Sequencing Antibiotics

<p>Welcome to Week 3 of class!</p> <p>This week, we begin a new chapter, titled "How Do We Sequence Antibiotics?" &nbsp;In this chapter, we will learn&nbsp;how to determine the amino acid sequences making up antibiotics using brute force algorithms.</p> <p>Below is this week's Bioinformatics Cartoon.</p> <p><img src="https://d396qusza40orc.cloudfront.net/bioinformatics%2Fimages%2Fchapter2_final.jpg" title="Image: https://d396qusza40orc.cloudfront.net/bioinformatics%2Fimages%2Fchapter2_final.jpg" width="528"></p>...
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5 vidéos (Total 27 min), 1 lecture, 3 quiz
Video5 vidéos
How Do Bacteria Make Antibiotics? 8 min
Sequencing Antibiotics by Shattering Them into Pieces 4 min
A Brute Force Algorithm for Cyclopeptide Sequencing 3 min
Cyclopeptide Sequencing with Branch and Bound 6 min
Reading1 lecture
Week 3 FAQs (Optional) min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Week 3 Quiz15 min
Semaine
4
Heures pour terminer
3 heures pour terminer

Week 4: From Ideal to Real Spectra for Antibiotics Sequencing

<p>Welcome to Week 4 of class!</p> <p>Last week, we discussed how to sequence an antibiotic peptide from an ideal spectrum. This week, we will see how to develop more sophisticated algorithms for antibiotic peptide sequencing that are able to handle spectra with many false and missing masses.</p>...
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4 vidéos (Total 18 min), 1 lecture, 3 quiz
Video4 vidéos
From 20 to More than 100 Amino Acids 2 min
The Spectral Convolution Saves the Day 6 min
The Truth About Spectra 2 min
Reading1 lecture
Week 4 FAQs (Optional) min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Week 4 Quiz15 min
4.8
Orientation de carrière

50%

a commencé une nouvelle carrière après avoir terminé ces cours
Avantage de carrière

83%

a bénéficié d'un avantage concret dans sa carrière grâce à ce cours

Meilleurs avis

par SVJan 10th 2017

Great course to explore a bit of Bioinformatics for those with no background in Bioinformatics. I love the way the content has been provided, its interactivity increases the interest in the course.

par MPDec 8th 2017

I like the real-world tasks, especially the assembly on the final exam. Some of the programming tasks, such as the antibiotic noisy spectrum assembly, are challenging (which is good).

Enseignants

Avatar

Pavel Pevzner

Professor
Department of Computer Science and Engineering
Avatar

Phillip Compeau

Visiting Researcher
Department of Computer Science & Engineering

À propos de University of California San Diego

UC San Diego is an academic powerhouse and economic engine, recognized as one of the top 10 public universities by U.S. News and World Report. Innovation is central to who we are and what we do. Here, students learn that knowledge isn't just acquired in the classroom—life is their laboratory....

À propos de la Spécialisation Bioinformatics

Join Us in a Top 50 MOOC of All Time! How do we sequence and compare genomes? How do we identify the genetic basis for disease? How do we construct an evolutionary Tree of Life for all species on Earth? When you complete this Specialization, you will learn how to answer many questions in modern biology that have become inseparable from the computational approaches used to solve them. You will also obtain a toolkit of existing software resources built on these computational approaches and that are used by thousands of biologists every day in one of the fastest growing fields in science. Although this Specialization centers on computational topics, you do not need to know how to program in order to complete it. If you are interested in programming, we feature an "Honors Track" (called "hacker track" in previous runs of the course). The Honors Track allows you to implement the bioinformatics algorithms that you will encounter along the way in dozens of automatically graded coding challenges. By completing the Honors Track, you will be a bioinformatics software professional! Learn more about the Bioinformatics Specialization (including why we are wearing these crazy outfits) by watching our introductory video. You can purchase the Specialization's print companion, Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach, from the textbook website. Our first course, "Finding Hidden Messages in DNA", was named a top-50 MOOC of all time by Class Central!...
Bioinformatics

Foire Aux Questions

  • Une fois que vous êtes inscrit(e) pour un Certificat, vous pouvez accéder à toutes les vidéos de cours, et à tous les quiz et exercices de programmation (le cas échéant). Vous pouvez soumettre des devoirs à examiner par vos pairs et en examiner vous-même uniquement après le début de votre session. Si vous préférez explorer le cours sans l'acheter, vous ne serez peut-être pas en mesure d'accéder à certains devoirs.

  • Lorsque vous vous inscrivez au cours, vous bénéficiez d'un accès à tous les cours de la Spécialisation, et vous obtenez un Certificat lorsque vous avez réussi. Votre Certificat électronique est alors ajouté à votre page Accomplissements. À partir de cette page, vous pouvez imprimer votre Certificat ou l'ajouter à votre profil LinkedIn. Si vous souhaitez seulement lire et visualiser le contenu du cours, vous pouvez accéder gratuitement au cours en tant qu'auditeur libre.

D'autres questions ? Visitez le Centre d'Aide pour les Etudiants.