We will learn computational methods -- algorithms and data structures -- for analyzing DNA sequencing data. We will learn a little about DNA, genomics, and how DNA sequencing is used. We will use Python to implement key algorithms and data structures and to analyze real genomes and DNA sequencing datasets.
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Université Johns-HopkinsÀ propos de ce cours
29 680 consultations récentes
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Approx. 12 heures pour terminer
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Sous-titres : Arabe, Français, Portugais (européen), Italien, Vietnamien, Allemand, Russe, Anglais, Espagnol
Compétences que vous acquerrez
Bioinformatics AlgorithmsAlgorithmsPython ProgrammingAlgorithms On Strings
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Offert par
Université Johns-Hopkins
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours
4 heures pour terminer
DNA sequencing, strings and matching
This module we begin our exploration of algorithms for analyzing DNA sequencing data. We'll discuss DNA sequencing technology, its past and present, and how it works.
4 heures pour terminer
19 vidéos (Total 112 min), 7 lectures, 2 quiz
3 heures pour terminer
Preprocessing, indexing and approximate matching
In this module, we learn useful and flexible new algorithms for solving the exact and approximate matching problems. We'll start by learning Boyer-Moore, a fast and very widely used algorithm for exact matching
3 heures pour terminer
15 vidéos (Total 114 min), 1 lecture, 2 quiz
3 heures pour terminer
Edit distance, assembly, overlaps
This week we finish our discussion of read alignment by learning about algorithms that solve both the edit distance problem and related biosequence analysis problems, like global and local alignment.
3 heures pour terminer
13 vidéos (Total 92 min), 1 lecture, 2 quiz
3 heures pour terminer
Algorithms for assembly
In the last module we began our discussion of the assembly problem and we saw a couple basic principles behind it. In this module, we'll learn a few ways to solve the alignment problem.
3 heures pour terminer
13 vidéos (Total 83 min), 1 lecture, 2 quiz
Avis
Meilleurs avis pour ALGORITHMS FOR DNA SEQUENCING
par VK7 août 2017
This course provided me a very quick overview of all the core concepts pertaining to DNA sequencing. It is very well organized, crystal clear demonstration of concepts and I really enjoyed the course.
par KP18 mai 2020
Very good course this is. Just a little advice, please make the quiz questions more clear and more specific because one shouldn't waste time to understand a question which is very easy to implement.
par NF9 mars 2021
very engaging and well-presented course material. intermediate difficulty while conveying the basics of how even recent real-world genome alignment and assembly tools work. great course design!
par MY9 oct. 2020
One of the most useful courses I have joined. Many thanks to the instructors for these quality lectures and for the time spent to deliver the information as easily as possible!
Foire Aux Questions
Quand aurai-je accès aux vidéos de cours et aux devoirs ?
À quoi ai-je droit si je m'abonne à cette Spécialisation ?
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