This course focuses on the concepts and tools behind reporting modern data analyses in a reproducible manner. Reproducible research is the idea that data analyses, and more generally, scientific claims, are published with their data and software code so that others may verify the findings and build upon them. The need for reproducibility is increasing dramatically as data analyses become more complex, involving larger datasets and more sophisticated computations. Reproducibility allows for people to focus on the actual content of a data analysis, rather than on superficial details reported in a written summary. In addition, reproducibility makes an analysis more useful to others because the data and code that actually conducted the analysis are available. This course will focus on literate statistical analysis tools which allow one to publish data analyses in a single document that allows others to easily execute the same analysis to obtain the same results.
Offert par
Ce que vous allez apprendre
Determine the reproducibility of analysis project
Organize data analysis to help make it more reproducible
Publish reproducible web documents using Markdown
Write up a reproducible data analysis using knitr
Compétences que vous acquerrez
Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours
Week 1: Concepts, Ideas, & Structure
This week will cover the basic ideas of reproducible research since they may be unfamiliar to some of you. We also cover structuring and organizing a data analysis to help make it more reproducible. I recommend that you watch the videos in the order that they are listed on the web page, but watching the videos out of order isn't going to ruin the story.
Week 2: Markdown & knitr
This week we cover some of the core tools for developing reproducible documents. We cover the literate programming tool knitr and show how to integrate it with Markdown to publish reproducible web documents. We also introduce the first peer assessment which will require you to write up a reproducible data analysis using knitr.
Week 3: Reproducible Research Checklist & Evidence-based Data Analysis
This week covers what one could call a basic check list for ensuring that a data analysis is reproducible. While it's not absolutely sufficient to follow the check list, it provides a necessary minimum standard that would be applicable to almost any area of analysis.
Week 4: Case Studies & Commentaries
This week there are two case studies involving the importance of reproducibility in science for you to watch.
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Meilleurs avis pour Recherche reproductible
My favorite course, at least it gives me an argument why scripted statistics is awesome and can be applied to a number of data related activities. Recycling chunks of code has proven useful to me.
Of course, I liked this course. There was even an extra non-graded assignment. Plus two graded assignments. Quality instruction videos and lots of practice. Everything a learner needs.
Enseignants
Roger D. Peng, PhD
Associate Professor, Biostatistics
Jeff Leek, PhD
Associate Professor, Biostatistics
Brian Caffo, PhD
Professor, BiostatisticsÀ propos de Université Johns-Hopkins
Foire Aux Questions
Quand aurai-je accès aux vidéos de cours et aux devoirs ?
Une fois que vous êtes inscrit(e) pour un Certificat, vous pouvez accéder à toutes les vidéos de cours, et à tous les quiz et exercices de programmation (le cas échéant). Vous pouvez soumettre des devoirs à examiner par vos pairs et en examiner vous-même uniquement après le début de votre session. Si vous préférez explorer le cours sans l'acheter, vous ne serez peut-être pas en mesure d'accéder à certains devoirs.
À quoi ai-je droit si je m'abonne à cette Spécialisation ?
Lorsque vous vous inscrivez au cours, vous bénéficiez d'un accès à tous les cours de la Spécialisation, et vous obtenez un Certificat lorsque vous avez réussi. Votre Certificat électronique est alors ajouté à votre page Accomplissements. À partir de cette page, vous pouvez imprimer votre Certificat ou l'ajouter à votre profil LinkedIn. Si vous souhaitez seulement lire et visualiser le contenu du cours, vous pouvez accéder gratuitement au cours en tant qu'auditeur libre.
Quelle est la politique de remboursement ?
Une aide financière est-elle possible ?
D'autres questions ? Visitez le Centre d'Aide pour les Etudiants.