This course aims to teach the concepts of clinical data models and common data models. Upon completion of this course, learners will be able to interpret and evaluate data model designs using Entity-Relationship Diagrams (ERDs), differentiate between data models and articulate how each are used to support clinical care and data science, and create SQL statements in Google BigQuery to query the MIMIC3 clinical data model and the OMOP common data model.
Offert par
Clinical Data Models and Data Quality Assessments
University of Colorado SystemÀ propos de ce cours
7,696 consultations récentes
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Dates limites flexibles
Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.
Niveau intermédiaire
Approx. 17 heures pour terminer
Anglais
Sous-titres : Anglais
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University of Colorado System
The University of Colorado is a recognized leader in higher education on the national and global stage. We collaborate to meet the diverse needs of our students and communities. We promote innovation, encourage discovery and support the extension of knowledge in ways unique to the state of Colorado and beyond.
Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours
4 heures pour terminer
Introduction: Clinical Data Models and Common Data Models
This week describes clinical data models and explains the need for and use of common data models in national and international data networks. We will also cover the features of Entity-Relationship Diagrams (ERDs) to describe the key technical features of data models.
4 heures pour terminer
9 vidéos (Total 54 min), 4 lectures, 1 quiz
9 vidéos
Clinical Research Data Warehouses9 min
Entity Relationship Diagrams (ERDs)4 min
Clinical Data Models4 min
Why Common Data Models?10 min
A Quick Tour of a Common Data Model: i2b26 min
A Quick Tour of a Common Data Model: OMOP5 min
A Quick Tour of a Common Data Model: Sentinel6 min
A Quick Tour of a Common Data Model: PCORNet5 min
4 lectures
Introduction to Specialization Instructors5 min
Course Policies5 min
Accessing Course Data and Technology Platform15 min
Readings and Course Materials for Module 12 h
1 exercice pour s'entraîner
Clinical Data Models and Common Data Models30 min
3 heures pour terminer
Tools: Querying Clinical Data Models
We take a deep dive into the technical features of clinical data models using MIMIC3 as our example and research common data models using OMOP as our example.
3 heures pour terminer
6 vidéos (Total 59 min), 1 lecture, 1 quiz
6 vidéos
Querying MIMIC-III9 min
A Deep Dive into OMOP Data Model13 min
Querying OMOP12 min
Comparing the MIMIC and OMOP Data Models10 min
The OHDSI Community Ecosystem7 min
1 lecture
Readings and Course Materials for Module 21h 30min
1 exercice pour s'entraîner
Tools: Querying Clinical Data Models30 min
3 heures pour terminer
Techniques: Extract-Transform-Load and Terminology Mapping
This module teaches learners about the processes and challenges with extracting, transforming and loading (ETL) data with real-world examples in data and terminology mapping.
3 heures pour terminer
6 vidéos (Total 53 min), 1 lecture, 1 quiz
6 vidéos
The ETL Task7 min
Structural versus Terminology Mapping6 min
Data Profiling with White Rabbit10 min
Data Mapping with the Rabbit in a Hat Tool9 min
Terminology Mapping10 min
Example mapping of MIMIC Patient to OMOP Person8 min
1 lecture
Readings and Course Materials for Module 32 h
1 exercice pour s'entraîner
Techniques: Extract-Transform-Load and Terminology Mapping30 min
3 heures pour terminer
Techniques: Data Quality Assessments
We explore the dimensions of data quality by reviewing its challenges, data quality measurements used to measure it, and data quality rules to assess its acceptability for use.
3 heures pour terminer
5 vidéos (Total 52 min), 1 lecture, 1 quiz
5 vidéos
Data profiling for data quality assessment10 min
Data quality assessment using SQL13 min
Callahan and Khare rules8 min
OHDSI Achilles and Achilles Heel12 min
1 lecture
Readings and Course Materials for Module 41h 30min
1 exercice pour s'entraîner
Techniques: Data Quality Assessments30 min
Avis
Meilleurs avis pour CLINICAL DATA MODELS AND DATA QUALITY ASSESSMENTS
par FG12 déc. 2019
An excellent course that provides great guidelines for clinical data models. There are plenty of exercises to cement each block of learning material.
par MK4 nov. 2019
What a great course!! Kudos to the professor for being so detail oriented!! I learned a great deal about the clinical data models from this course!!
par VT13 sept. 2019
Good instructor who took time to explain and walked through each steps of the ETL process. Highly recommended.
par LC30 sept. 2019
Great course. Would be great if lecture slides can be provided.
Foire Aux Questions
Quand aurai-je accès aux vidéos de cours et aux devoirs ?
L’accès à des vidéos de cours et des devoirs dépend de votre type d’inscription. Si vous suivez un cours en mode auditeur libre, vous pourrez voir la plupart des contenus de cours gratuitement. Pour accéder aux devoirs notés et obtenir un certificat, vous devrez acheter une expérience de certificat, pendant ou après avoir assister au cours en tant qu’auditeur libre. Si vous ne visualisez pas l’option auditeur libre :
- Il est possible que le cours ne propose pas d’option auditeur libre. Vous pouvez en revanche accéder à un essai gratuit ou faire une demande d'aide financière.
- Le cours propose peut-être « Cours complet, aucun certificat » à la place. Cette option vous permet de voir tous les contenus de cours, de soumettre les évaluations requises et d'obtenir une note finale. Cependant, vous ne pourrez pas acheter une expérience de certificat.
À quoi ai-je droit si j'achète le Certificat ?
Lorsque vous achetez un Certificat, vous bénéficiez d'un accès à tout le contenu du cours, y compris les devoirs notés. Lorsque vous avez terminé et réussi le cours, votre Certificat électronique est ajouté à votre page Accomplissements. À partir de cette page, vous pouvez imprimer votre Certificat ou l'ajouter à votre profil LinkedIn. Si vous souhaitez seulement lire et visualiser le contenu du cours, vous pouvez accéder gratuitement au cours en tant qu'auditeur libre.
Is financial aid available?
Oui, Coursera fournit une Aide Financière aux étudiants n'ayant pas les moyens d'acquitter les frais. Pour en faire la demande, cliquez sur le lien Aide Financière situé sous le bouton S'inscrire ci-contre à gauche. Vous serez invité(e) à déposer une demande et vous serez averti(e) si elle est acceptée. En savoir plus.
Puis-je obtenir des crédits universitaires si je réussis le Cours ?
Ce Cours n'est pas associé à des crédits universitaires, mais certaines universités peuvent décider d'accepter des Certificats de Cours pour des crédits. Vérifiez-le auprès de votre établissement pour en savoir plus. Les Diplômes en ligne et les Certificats Mastertrack™ sur Coursera apportent la possibilité d'obtenir des crédits universitaires.
D'autres questions ? Visitez le Centre d'Aide pour les Etudiants.
