À propos de ce cours
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Recommandé : 4-5 hours/week...

Anglais

Sous-titres : Anglais

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Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1
2 heures pour terminer

The Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS) Program Overview

This module provides an overview of the concept behind the LINCS program; and tutorials on how to get started with using the LINCS L1000 dataset.

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8 vidéos (Total 78 min), 2 lectures
8 vidéos
The Connectivity Map8 min
Geometrical View of the Connectivity Map Concept3 min
LINCS Data and Signature Generation Centers12 min
BD2K-LINCS Data Coordination and Integration Center4 min
Induced Pluripotent Stem Cells (iPSCs)4 min
Introduction to LINCS L1000 Data22 min
L1000 Characteristic Direction Signature Search Engine (L1000CDS2) Demo13 min
2 lectures
Syllabus10 min
Grading and Logistics10 min
26 minutes pour terminer

Metadata and Ontologies

This module includes a broad high level description of the concepts behind metadata and ontologies and how these are applied to LINCS datasets.

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2 vidéos (Total 26 min)
2 vidéos
Introduction to Metadata and Ontologies | Part 220 min
24 minutes pour terminer

Serving Data with APIs

In this module we explain the concept of accessing data through an application programming interface (API).

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2 vidéos (Total 19 min)
2 vidéos
Accessing and Serving Data through RESTful APIs | Part 210 min
Semaine
2
19 minutes pour terminer

Bioinformatics Pipelines

This module describes the important concept of a Bioinformatics pipeline.

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1 vidéo (Total 14 min)
1 heure pour terminer

The Harmonizome

This module describes a project that integrates many resources that contain knowledge about genes and proteins. The project is called the Harmonizome, and it is implemented as a web-server application available at: http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/

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4 vidéos (Total 37 min)
4 vidéos
Processing Datasets | Part 18 min
Processing Datasets | Part 29 min
Processing Datasets | Part 37 min
Semaine
3
24 minutes pour terminer

Data Normalization

This module describes the mathematical concepts behind data normalization.

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2 vidéos (Total 19 min)
2 vidéos
Data Normalization | Part 213 min
1 heure pour terminer

Data Clustering

This module describes the mathematical concepts behind data clustering, or in other words unsupervised learning - the identification of patterns within data without considering the labels associated with the data.

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3 vidéos (Total 33 min)
3 vidéos
Data Clustering | Part 2 | Distance Functions 12 min
Data Clustering | Part 3 | Algorithms and Evaluation15 min
2 heures pour terminer

Midterm Exam

The Midterm Exam consists of 45 multiple choice questions which covers modules 1-7. Some of the questions may require you to perform some analysis with the methods you learned throughout the course on new datasets.

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1 quiz
1 exercice pour s'entraîner
Midterm Exam1h 30min
Semaine
4
29 minutes pour terminer

Enrichment Analysis

This module introduces the important concept of performing gene set enrichment analyses. Enrichment analysis is the process of querying gene sets from genomics and proteomics studies against annotated gene sets collected from prior biological knowledge.

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3 vidéos (Total 29 min)
3 vidéos
Enrichment Analysis | Part 27 min
Enrichr Demo9 min
1 heure pour terminer

Machine Learning

This module describes the mathematical concepts of supervised machine learning, the process of making predictions from examples that associate observations/features/attribute with one or more properties that we wish to learn/predict.

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3 vidéos (Total 27 min)
3 vidéos
Introduction to Machine Learning | Part 2 8 min
Introduction to Machine Learning | Part 39 min
4.9
4 avisChevron Right

Principaux examens pour Science des données importante avec la coordination de données BD2K-LINCS et le centre d'intégration

par MSJan 21st 2017

A very practical courses. Very good introduction to Big Data sources and Computational Analysis tool.

par HHSep 19th 2018

excellent oppurtunity for the data science learners

Enseignant

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Avi Ma’ayan, PhD

Director, Mount Sinai Center for Bioinformatics
Professor, Department of Pharmacological Sciences

À propos de Icahn School of Medicine at Mount Sinai

The Icahn School of Medicine at Mount Sinai, in New York City is a leader in medical and scientific training and education, biomedical research and patient care....

Foire Aux Questions

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