This course provides demonstrations and exercises for performing common genomics-based analysis tasks of bacterial sequence data. It uses PATRIC, the PathoSystems Resource Integration Center, as the platform for analysis. PATRIC is the NIH/NIAID-funded bacterial Bioinformatics Resource Center, providing comprehensive bacterial genomic data with integrated analysis tools and visualizations. PATRIC also provides a private workspace where users can upload and analyze their own data.
Offert par
Bacterial Bioinformatics
Université de VirginieÀ propos de ce cours
4,131 consultations récentes
Certificat partageable
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100 % en ligne
Commencez dès maintenant et apprenez aux horaires qui vous conviennent.
Dates limites flexibles
Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.
Niveau intermédiaire
This class is geared towards biologists, bacteriologists, and bioinformaticians with a basic knowledge of comparative genomics.
Approx. 14 heures pour terminer
Anglais
Sous-titres : Anglais
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Université de Virginie
A premier institution of higher education, The University of Virginia offers outstanding academics, world-class faculty, and an inspiring, supportive environment. Founded by Thomas Jefferson in 1819, the University is guided by his vision of discovery, innovation, and development of the full potential of students from all walks of life. Through these courses, global learners have an opportunity to study with renowned scholars and thought leaders.
Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours
1 heure pour terminer
Introduction
This lesson provides an introduction to PATRIC, the PathoSystems Resource Integration Center, a Bioinformatics Resource Center dedicated to supporting bacterial research. PATRIC provides comprehensive bacterial genomic data with integrated analysis tools and visualizations. PATRIC also provides a private workspace where users can upload and analyze their own data. PATRIC will serve as the platform for the analysis methods covered in this module.
1 heure pour terminer
7 vidéos (Total 42 min)
7 vidéos
History of PATRIC and the BRC program3 min
PATRIC overview - tabs and information16 min
Registering and logging on to PATRIC2 min
PATRIC workspace-Create Shared Workspace6 min
Sharing a genome with other PATRIC users4 min
Copying a genome annotation job to a shared workspace3 min
1 exercice pour s'entraîner
PATRIC overview, login, and workspace sharing30 min
1 heure pour terminer
Assembly
This lesson provides step-by-step instructions for assembling a genome from a set of bacterial sequence reads using the PATRIC Genome Assembly Service. Exercises are included to enhance comprehension and build proficiency in using the assembly process.
1 heure pour terminer
7 vidéos (Total 49 min)
7 vidéos
Uploading read files to the workspace for assembly11 min
Submitting reads to the Genome Assembly Service8 min
Selecting assembly strategies and submitting the assembly job8 min
Monitoring the assembly job and reviewing job results7 min
Genome coverage in Genome Report2 min
Assembly questions and getting help with problems4 min
1 exercice pour s'entraîner
Review of genome assembly30 min
2 heures pour terminer
Annotation
This lesson provides step-by-step instructions for annotating a genome from contigs using the PATRIC Genome Annotation Service. Exercises are included to enhance comprehension and build proficiency in using the annotation process.
2 heures pour terminer
7 vidéos (Total 77 min)
7 vidéos
Uploading contig files to the PATRIC workspace12 min
Submitting a job to the PATRIC Genome Annotation Service7 min
Reviewing the resulting Genome Report19 min
Downloading the generated files 11 min
Viewing your annotated genome in PATRIC15 min
Finding help or reporting problems with the service5 min
1 exercice pour s'entraîner
Review of genome annotation30 min
2 heures pour terminer
Comprehensive Genome Analysis
This lesson provides step-by-step instructions for assembling, annotating, and performing an automated analysis of a genome from a set of bacterial sequence reads using the PATRIC Comprehensive Genome Analysis Service. Exercises are included to enhance comprehension and build proficiency in using the service.
2 heures pour terminer
10 vidéos (Total 101 min)
10 vidéos
Submitting a job using reads16 min
Submitting contigs8 min
Full Genome Report13 min
Job Results11 min
Assembly results11 min
Annotation results12 min
Viewing annotated genome12 min
Finding help and citing5 min
Hybrid Assembly Summary8 min
1 exercice pour s'entraîner
Review of the Comprehensive Genome Analysis Service30 min
Foire Aux Questions
Quand aurai-je accès aux vidéos de cours et aux devoirs ?
L’accès à des vidéos de cours et des devoirs dépend de votre type d’inscription. Si vous suivez un cours en mode auditeur libre, vous pourrez voir la plupart des contenus de cours gratuitement. Pour accéder aux devoirs notés et obtenir un certificat, vous devrez acheter une expérience de certificat, pendant ou après avoir assister au cours en tant qu’auditeur libre. Si vous ne visualisez pas l’option auditeur libre :
- Il est possible que le cours ne propose pas d’option auditeur libre. Vous pouvez en revanche accéder à un essai gratuit ou faire une demande d'aide financière.
- Le cours propose peut-être « Cours complet, aucun certificat » à la place. Cette option vous permet de voir tous les contenus de cours, de soumettre les évaluations requises et d'obtenir une note finale. Cependant, vous ne pourrez pas acheter une expérience de certificat.
À quoi ai-je droit si j'achète le Certificat ?
Lorsque vous achetez un Certificat, vous bénéficiez d'un accès à tout le contenu du cours, y compris les devoirs notés. Lorsque vous avez terminé et réussi le cours, votre Certificat électronique est ajouté à votre page Accomplissements. À partir de cette page, vous pouvez imprimer votre Certificat ou l'ajouter à votre profil LinkedIn. Si vous souhaitez seulement lire et visualiser le contenu du cours, vous pouvez accéder gratuitement au cours en tant qu'auditeur libre.
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D'autres questions ? Visitez le Centre d'Aide pour les Etudiants.
