À propos de ce cours

4,131 consultations récentes
Certificat partageable
Obtenez un Certificat lorsque vous terminez
100 % en ligne
Commencez dès maintenant et apprenez aux horaires qui vous conviennent.
Dates limites flexibles
Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.
Niveau intermédiaire

This class is geared towards biologists, bacteriologists, and bioinformaticians with a basic knowledge of comparative genomics.

Approx. 14 heures pour terminer
Anglais
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Anglais

Offert par

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Université de Virginie

Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1

Semaine 1

1 heure pour terminer

Introduction

1 heure pour terminer
7 vidéos (Total 42 min)
7 vidéos
History of PATRIC and the BRC program3 min
PATRIC overview - tabs and information16 min
Registering and logging on to PATRIC2 min
PATRIC workspace-Create Shared Workspace6 min
Sharing a genome with other PATRIC users4 min
Copying a genome annotation job to a shared workspace3 min
1 exercice pour s'entraîner
PATRIC overview, login, and workspace sharing30 min
Semaine
2

Semaine 2

1 heure pour terminer

Assembly

1 heure pour terminer
7 vidéos (Total 49 min)
7 vidéos
Uploading read files to the workspace for assembly11 min
Submitting reads to the Genome Assembly Service8 min
Selecting assembly strategies and submitting the assembly job8 min
Monitoring the assembly job and reviewing job results7 min
Genome coverage in Genome Report2 min
Assembly questions and getting help with problems4 min
1 exercice pour s'entraîner
Review of genome assembly30 min
Semaine
3

Semaine 3

2 heures pour terminer

Annotation

2 heures pour terminer
7 vidéos (Total 77 min)
7 vidéos
Uploading contig files to the PATRIC workspace12 min
Submitting a job to the PATRIC Genome Annotation Service7 min
Reviewing the resulting Genome Report19 min
Downloading the generated files 11 min
Viewing your annotated genome in PATRIC15 min
Finding help or reporting problems with the service5 min
1 exercice pour s'entraîner
Review of genome annotation30 min
Semaine
4

Semaine 4

2 heures pour terminer

Comprehensive Genome Analysis

2 heures pour terminer
10 vidéos (Total 101 min)
10 vidéos
Submitting a job using reads16 min
Submitting contigs8 min
Full Genome Report13 min
Job Results11 min
Assembly results11 min
Annotation results12 min
Viewing annotated genome12 min
Finding help and citing5 min
Hybrid Assembly Summary8 min
1 exercice pour s'entraîner
Review of the Comprehensive Genome Analysis Service30 min

Foire Aux Questions

D'autres questions ? Visitez le Centre d'Aide pour les Etudiants.