Ce cours fait partie de la Spécialisation Bioinformatique

4.2
étoiles
87 évaluations

Pavel Pevzner +1 enseignant de plus

14 047 déjà inscrits

Offert par

Spécialisation BioinformatiqueUniversité de Californie à San Diego

À propos de ce cours

3 273 consultations récentes

How do we infer which genes orchestrate various processes in the cell?  How did humans migrate out of Africa and spread around the world? In this class, we will see that these two seemingly different questions can be addressed using similar algorithmic and machine learning techniques arising from the general problem of dividing data points into distinct clusters.
In the first half of the course, we will introduce algorithms for clustering a group of objects into a collection of clusters based on their similarity, a classic problem in data science, and see how these algorithms can be applied to gene expression data.

In the second half of the course, we will introduce another classic tool in data science called principal components analysis that can be used to preprocess multidimensional data before clustering in an effort to greatly reduce the number dimensions without losing much of the "signal" in the data.

Finally, you will learn how to apply popular bioinformatics software tools to solve a real problem in clustering.

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Spécialisation Bioinformatique

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Anglais

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Enseignants

Évaluation de l'enseignant

4/5 (5 évaluations)

Pavel Pevzner

Professor

Department of Computer Science and Engineering

687 662 étudiants

14 cours

Phillip Compeau

Visiting Researcher

Department of Computer Science & Engineering

225 607 étudiants

8 cours

Offert par

Université de Californie à San Diego

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Programme de cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine

Semaine 1

5 heures pour terminer

Week 1: Introduction to Clustering Algorithms

Welcome to class!At the beginning of the class, we will see how algorithms for clustering a set of data points will help us determine how yeast became such good wine-makers. At the bottom of this email is the Bioinformatics Cartoon for this chapter, courtesy of <a href="http://bearandfox.com" target="_blank" title="Link: http://bearandfox.com">Randall Christopher</a> and serving as a chapter header in the Specialization's bestselling <a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">print companion</a>. How did the monkey lose a wine-drinking contest to a tiny mammal?  Why have Pavel and Phillip become cavemen? And will flipping a coin help them escape their eternal boredom until they can return to the present? Start learning to find out!<img width="550" alt="" src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/clustering_cropped.jpg" title="Image: http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/clustering_cropped.jpg">

5 heures pour terminer

5 vidéos (Total 33 min), 2 lectures, 3 quiz

Semaine

Semaine 2

4 heures pour terminer

Week 2: Advanced Clustering Techniques

Welcome to week 2 of class!

This week, we will see how we can move from a "hard" assignment of points to clusters toward a "soft" assignment that allows the boundaries of the clusters to blend. We will also see how to adapt the Lloyd algorithm that we encountered in the first week in order to produce an algorithm for soft clustering. We will also see another clustering algorithm called "hierarchical clustering" that groups objects into larger and larger clusters.

4 heures pour terminer

5 vidéos (Total 35 min), 1 lecture, 3 quiz

Semaine

Semaine 3

1 heure pour terminer

Week 3: Introductory Algorithms in Population Genetics

1 heure pour terminer

2 lectures

Avis

4.2

23 avis

5 stars
52,87 %
4 stars
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Meilleurs avis pour GENOMIC DATA SCIENCE AND CLUSTERING (BIOINFORMATICS V)

par ZX20 juil. 2019

In depth and comprehensive coverage of the topics in genetic data analysis.

par JM21 mars 2020

Really enjoyed the clustering chapters and the practical exercises with the yeast dataset

par MK10 nov. 2018

Absolutely fantastic course. Kudos to the course creators.

par DD23 oct. 2019

Truly awesome. What I liked best was that this course didn't have a peer reviewed final challenge, so I didn't have to wait months until my work was graded :)

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À propos du Spécialisation Bioinformatique

Join Us in a Top 50 MOOC of All Time!

How do we sequence and compare genomes? How do we identify the genetic basis for disease? How do we construct an evolutionary Tree of Life for all species on Earth? When you complete this Specialization, you will learn how to answer many questions in modern biology that have become inseparable from the computational approaches used to solve them. You will also obtain a toolkit of existing software resources built on these computational approaches and that are used by thousands of biologists every day in one of the fastest growing fields in science. Although this Specialization centers on computational topics, you do not need to know how to program in order to complete it. If you are interested in programming, we feature an "Honors Track" (called "hacker track" in previous runs of the course). The Honors Track allows you to implement the bioinformatics algorithms that you will encounter along the way in dozens of automatically graded coding challenges. By completing the Honors Track, you will be a bioinformatics software professional! Learn more about the Bioinformatics Specialization (including why we are wearing these crazy outfits) by watching our introductory video. You can purchase the Specialization's print companion, Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach, from the textbook website. Our first course, "Finding Hidden Messages in DNA", was named a top-50 MOOC of all time by Class Central!

Foire Aux Questions

Quand aurai-je accès aux vidéos de cours et aux devoirs ?
L’accès à des vidéos de cours et des devoirs dépend de votre type d’inscription. Si vous suivez un cours en mode auditeur libre, vous pourrez voir la plupart des contenus de cours gratuitement. Pour accéder aux devoirs notés et obtenir un certificat, vous devrez acheter une expérience de certificat, pendant ou après avoir assister au cours en tant qu’auditeur libre. Si vous ne visualisez pas l’option auditeur libre :
Il est possible que le cours ne propose pas d’option auditeur libre. Vous pouvez en revanche accéder à un essai gratuit ou faire une demande d'aide financière.
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À quoi ai-je droit si je m'abonne à cette Spécialisation ?
Lorsque vous vous inscrivez au cours, vous bénéficiez d'un accès à tous les cours de la Spécialisation, et vous obtenez un Certificat lorsque vous avez réussi. Votre Certificat électronique est alors ajouté à votre page Accomplissements. À partir de cette page, vous pouvez imprimer votre Certificat ou l'ajouter à votre profil LinkedIn. Si vous souhaitez seulement lire et visualiser le contenu du cours, vous pouvez accéder gratuitement au cours en tant qu'auditeur libre.
Une aide financière est-elle possible ?
Oui. Dans certains programmes d’apprentissage, vous pouvez demander une aide financière ou une bourse d’études si vous ne pouvez pas payer les frais d’inscription. Si une aide financière ou une bourse d’études est disponible pour le programme d’apprentissage choisi, vous trouverez un lien pour faire une demande sur la page de description.

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Genomic Data Science and Clustering (Bioinformatics V)

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