À propos de ce cours
4.2
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Commencez dès maintenant et apprenez aux horaires qui vous conviennent.
Dates limites flexibles

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Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.
Niveau avancé

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Heures pour terminer

Approx. 22 heures pour terminer

Recommandé : 6 weeks of study, 3-5 hours per week...
Langues disponibles

Anglais

Sous-titres : Anglais...

Compétences que vous acquerrez

BioinformaticsData Clustering AlgorithmsBig DataR Programming
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Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1
Heures pour terminer
2 heures pour terminer

Genes and Data

After this module, you will be able to 1. Locate and download files for data analysis involving genes and medicine. 2. Open files and preprocess data using R language. 3. Write R scripts to replace missing values, normalize data, discretize data, and sample data. ...
Reading
11 vidéos (Total 59 min), 2 lectures, 6 quiz
Video11 vidéos
Introduction to Module1 min
DNA and Genes9 min
RNA and Proteins6 min
Transcription Process4 min
Transcription Animation1 min
Translation Process5 min
Translation Animation2 min
Data, Variables, and Big Datasets6 min
Working with cBioPortal - Genetic Data Analysis9 min
Working with cBioPortal - Gene Networks9 min
Reading2 lectures
Module 1 cBioPortal Data Analytics10 min
Module 1 Resources10 min
Quiz6 exercices pour s'entraîner
DNA, RNA, Genes, and Proteins4 min
Transcription and Translation Processes6 min
Data, Variables, and Big Datasets4 min
Working with cBioPortal6 min
Module 1 Quiz20 min
Module 1 cBioPortal Data Analytics8 min
Semaine
2
Heures pour terminer
5 heures pour terminer

Preparing Datasets for Analysis

After this module, you will be able to: 1. Locate and download files for data analysis involving genes and medicine. 2. Open files and preprocess data using R language. 3. Write R scripts to replace missing values, normalize data, discretize data, and sample data. ...
Reading
13 vidéos (Total 75 min), 4 lectures, 8 quiz
Video13 vidéos
Datasets and Files10 min
Data Sources11 min
Importance of Data Preprocessing4 min
Data Preprocessing Tasks2 min
Replacing Missing Values3 min
Data Normalization9 min
Data Discretization5 min
Feature Selection3 min
Data Sampling2 min
Principles of R6 min
R Language1 min
Jupyter Notebooks 1017 min
Reading4 lectures
Jupyter Notebooks Essentials10 min
Notebook Module 2 Tutorial10 min
Module 2 R Data Preprocessing10 min
Module 2 Resources10 min
Quiz8 exercices pour s'entraîner
Datasets and Files4 min
Data Preprocessing Tasks4 min
Replacing Missing Values2 min
Normalization and Discretization4 min
Data Reduction4 min
Working with R4 min
Module 2 Quiz20 min
Module 2 R Data Preprocessing10 min
Semaine
3
Heures pour terminer
4 heures pour terminer

Finding Differentially Expressed Genes

After this module, you will be able to 1. Select features from highly dimensional datasets. 2. Evaluate the performance of feature selection methods. 3. Write R scripts to select features from datasets involving gene expressions. ...
Reading
9 vidéos (Total 53 min), 4 lectures, 6 quiz
Video9 vidéos
Overview of Feature Selection Methods13 min
Filter Methods4 min
Wrapper Methods4 min
Evaluation Schemes7 min
Selecting Differentially Expressed Genes3 min
Heatmaps6 min
R Scripts for Feature Selection3 min
Jupyter Notebooks 1017 min
Reading4 lectures
Notebook Module 3 Tutorial10 min
Jupyter Notebooks Essentials10 min
Module 3 R Finding Differentially Expressed Genes10 min
Module 3 Resources10 min
Quiz6 exercices pour s'entraîner
Feature Selection Methods4 min
Evaluation Schemes2 min
Differentially Expressed Genes4 min
Heatmaps4 min
Module 3 Quiz16 min
Module 3 R Finding Differentially Expressed Genes10 min
Semaine
4
Heures pour terminer
4 heures pour terminer

Predicting Diseases from Genes

After this module, you will be able to 1. Build classification and prediction models. 2. Evaluate the performance of classification and prediction methods. 3. Write R scripts to classify and predict diseases from gene expressions....
Reading
12 vidéos (Total 85 min), 4 lectures, 10 quiz
Video12 vidéos
Overview of Classification and Prediction Methods8 min
Classification Methods Based on Analogy12 min
Classification Methods Based on Rules13 min
Classification Methods Based on Neural Networks7 min
Classification Methods Based on Statistics3 min
Classification Methods Based on Probabilities7 min
Prediction Methods4 min
Evaluation Schemes13 min
Prediction Workflow4 min
R Scripts for Prediction1 min
Jupyter Notebooks 1017 min
Reading4 lectures
Jupyter Notebooks Essentials10 min
Notebook Module 4 Tutorial10 min
Module 4 R Predicting Diseases from Genes10 min
Module 4 Resources10 min
Quiz10 exercices pour s'entraîner
Overview4 min
Classification with Analogy2 min
Classification based on Rules2 min
Classification with Neural Networks2 min
Classification based on Statistics2 min
Classification based on Probabilities2 min
Prediction Models2 min
Evaluation Schemes2 min
Module 4 Quiz20 min
Module 4 R Predicting Diseases from Genes10 min

Enseignant

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Isabelle Bichindaritz

Associate Professor
Computer Science

À propos de The State University of New York

The State University of New York, with 64 unique institutions, is the largest comprehensive system of higher education in the United States. Educating nearly 468,000 students in more than 7,500 degree and certificate programs both on campus and online, SUNY has nearly 3 million alumni around the globe....

Foire Aux Questions

  • Une fois que vous êtes inscrit(e) pour un Certificat, vous pouvez accéder à toutes les vidéos de cours, et à tous les quiz et exercices de programmation (le cas échéant). Vous pouvez soumettre des devoirs à examiner par vos pairs et en examiner vous-même uniquement après le début de votre session. Si vous préférez explorer le cours sans l'acheter, vous ne serez peut-être pas en mesure d'accéder à certains devoirs.

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