Ce cours fait partie de la Spécialisation Bioinformatique

Phillip Compeau +1 enseignant de plus

Offert par

Spécialisation BioinformatiqueUniversité de Californie à San Diego

À propos de ce cours

2,852 consultations récentes

In this course, you will learn how to use the BaseSpace cloud platform developed by Illumina (our industry partner) to apply several standard bioinformatics software approaches to real biological data.
In particular, in a series of Application Challenges will see how genome assembly can be used to track the source of a food poisoning outbreak, how RNA-Sequencing can help us analyze gene expression data on the tissue level, and compare the pros and cons of whole genome vs. whole exome sequencing for finding potentially harmful mutations in a human sample.

Plus, hacker track students will have the option to build their own genome assembler and apply it to real data!

Résultats de carrière des étudiants

33%

ont commencé une nouvelle carrière après avoir terminé ce cours

33%

ont bénéficié d'un avantage concret dans leur carrières grâce à ce cours

Certificat partageable

Obtenez un Certificat lorsque vous terminez

100 % en ligne

Commencez dès maintenant et apprenez aux horaires qui vous conviennent.

Cours 7 sur 7 dans le

Spécialisation Bioinformatique

Dates limites flexibles

Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.

Niveau débutant

Approx. 14 heures pour terminer

Anglais

Sous-titres : Anglais

Enseignants

Phillip Compeau

Visiting Researcher

Department of Computer Science & Engineering

163,038 étudiants

8 cours

Pavel Pevzner

Professor

Department of Computer Science and Engineering

507,747 étudiants

11 cours

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Niveau débutant

Approx. 14 heures pour terminer

Anglais

Sous-titres : Anglais

Offert par

Université de Californie à San Diego

UC San Diego is an academic powerhouse and economic engine, recognized as one of the top 10 public universities by U.S. News and World Report. Innovation is central to who we are and what we do. Here, students learn that knowledge isn't just acquired in the classroom—life is their laboratory.

Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine

Semaine 1

5 heures pour terminer

Week 1: Identifying the Culprit in a Food Poisoning Outbreak

This week, we will apply genome sequencing algorithms to identify the bacterium causing a deadly food poisoning outbreak.

5 heures pour terminer

5 lectures

5 lectures

Note on Course Structure10 min

Welcome to Class!10 min

Special Thanks2 min

Introduction15 min

Databases and Tools5 min

Semaine

Semaine 2

4 heures pour terminer

Week 2: Comparing Gene Expression in Tissue Samples with RNA-Seq

In this week's Application Challenge, we will learn how RNA-Sequencing can be applied to perform tissue-level gene expression analysis. In particular, which is more similar on a gene expression level: different tissues from the same organism, or analogous tissues from related species? This question was the subject of recent debate and a Twitter controversy -- read more to find out!

4 heures pour terminer

2 lectures

2 lectures

Introduction15 min

Databases and Tools5 min

Semaine

Semaine 3

5 heures pour terminer

Week 3: Weighing the Pros and Cons of Whole Genome and Whole Exome Sequencing on a Human Sample

Comparing the differences between sequencing an entire human genome and sequencing only the exome, or the DNA that is eventually translated into protein. Can we obtain a complete picture of someone's genetic disease predispositions from only the exome, or is there information lurking in introns that can provide doctors with vital information? How do we weigh the trade-offs when considering genome and exome sequencing?

5 heures pour terminer

4 lectures

4 lectures

Introduction15 min

Databases and Tools10 min

Walkthroughs15 min

Reading: Part 3 FAQs

À propos du Spécialisation Bioinformatique

Join Us in a Top 50 MOOC of All Time!

How do we sequence and compare genomes? How do we identify the genetic basis for disease? How do we construct an evolutionary Tree of Life for all species on Earth? When you complete this Specialization, you will learn how to answer many questions in modern biology that have become inseparable from the computational approaches used to solve them. You will also obtain a toolkit of existing software resources built on these computational approaches and that are used by thousands of biologists every day in one of the fastest growing fields in science. Although this Specialization centers on computational topics, you do not need to know how to program in order to complete it. If you are interested in programming, we feature an "Honors Track" (called "hacker track" in previous runs of the course). The Honors Track allows you to implement the bioinformatics algorithms that you will encounter along the way in dozens of automatically graded coding challenges. By completing the Honors Track, you will be a bioinformatics software professional! Learn more about the Bioinformatics Specialization (including why we are wearing these crazy outfits) by watching our introductory video. You can purchase the Specialization's print companion, Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach, from the textbook website. Our first course, "Finding Hidden Messages in DNA", was named a top-50 MOOC of all time by Class Central!

Foire Aux Questions

Quand aurai-je accès aux vidéos de cours et aux devoirs ?
L’accès à des vidéos de cours et des devoirs dépend de votre type d’inscription. Si vous suivez un cours en mode auditeur libre, vous pourrez voir la plupart des contenus de cours gratuitement. Pour accéder aux devoirs notés et obtenir un certificat, vous devrez acheter une expérience de certificat, pendant ou après avoir assister au cours en tant qu’auditeur libre. Si vous ne visualisez pas l’option auditeur libre :
Il est possible que le cours ne propose pas d’option auditeur libre. Vous pouvez en revanche accéder à un essai gratuit ou faire une demande d'aide financière.
Le cours propose peut-être « Cours complet, aucun certificat » à la place. Cette option vous permet de voir tous les contenus de cours, de soumettre les évaluations requises et d'obtenir une note finale. Cependant, vous ne pourrez pas acheter une expérience de certificat.
À quoi ai-je droit si je m'abonne à cette Spécialisation ?
Lorsque vous vous inscrivez au cours, vous bénéficiez d'un accès à tous les cours de la Spécialisation, et vous obtenez un Certificat lorsque vous avez réussi. Votre Certificat électronique est alors ajouté à votre page Accomplissements. À partir de cette page, vous pouvez imprimer votre Certificat ou l'ajouter à votre profil LinkedIn. Si vous souhaitez seulement lire et visualiser le contenu du cours, vous pouvez accéder gratuitement au cours en tant qu'auditeur libre.
Is financial aid available?
Oui, Coursera offre une Aide Financière aux étudiants qui n'ont pas les moyens d'acquitter les frais. Demandez-la en cliquant sur le lien Aide Financière sous le bouton S'inscrire situé à gauche. Vous devrez remplir un formulaire de demande et vous serez averti(e) si elle est acceptée. Vous devrez répéter cette procédure pour chaque cours de la Spécialisation, y compris pour le Projet Final. En savoir plus.
Puis-je obtenir des crédits universitaires si je réussis le Cours ?
Ce Cours n'est pas associé à des crédits universitaires, mais certaines universités peuvent décider d'accepter des Certificats de Cours pour des crédits. Vérifiez-le auprès de votre établissement pour en savoir plus. Les Diplômes en ligne et les Certificats Mastertrack™ sur Coursera apportent la possibilité d'obtenir des crédits universitaires.

D'autres questions ? Visitez le Centre d'Aide pour les Etudiants.

Bioinformatics Capstone: Big Data in Biology

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Résultats de carrière des étudiants

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Enseignants

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Semaine 1

Week 1: Identifying the Culprit in a Food Poisoning Outbreak

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Semaine 3

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