À propos de ce cours
4.7
181 notes
36 avis
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Approx. 11 heures pour terminer

Recommandé : 12-18 hours of videos and labs...
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Anglais

Sous-titres : Anglais
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Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1
Heures pour terminer
3 heures pour terminer

Protein Motifs

In this module we'll be exploring conserved regions within protein families. Such regions can help us understand the biology of a sequence, in that they are likely important for biological function, and also be used to help ascribe function to sequences where we can't identify any homologs in the databases. There are various ways of describing the conserved regions from simple regular expressions to profiles to profile hidden Markov models (HMMs)....
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4 vidéos (Total 34 min), 4 lectures, 1 quiz
Video4 vidéos
Lecture21 min
Lab Discussion9 min
Summary1 min
Reading4 lectures
Acknowledgements10 min
Course Logistics10 min
Lecture Materials10 min
Lab 1 -- Protein Domain, Motif and Profile Analysis30 min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Lab 1 Quiz6 min
Semaine
2
Heures pour terminer
2 heures pour terminer

Protein-Protein Interactions

In this module we'll be exploring protein-protein interactions (PPIs). Protein-protein interactions are important as proteins don't act in isolation, and often an examination of the interaction partners (determined in an unbiased, perhaps high throughput way) of a given protein can tell us a lot about its biology. We'll talk about some different methods used to determine PPIs and go over their strengths and weaknesses. In the lab we'll use 3 different tools and two different databases to examine interaction partners of BRCA2, a protein that we examined in last module's lab. Finally, we'll touch on a "foundational" concept, Gene Ontology (GO) term enrichment analysis, to help us understand in an overview way the proteins interacting with our example....
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4 vidéos (Total 37 min), 2 lectures, 1 quiz
Video4 vidéos
Lecture23 min
Lab Discussion11 min
Summary1 min
Reading2 lectures
Lecture Materials10 min
Lab 2 -- Protein-Protein Interactions30 min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Lab 2 Quiz6 min
Semaine
3
Heures pour terminer
2 heures pour terminer

Protein Structure

The determination of a protein's tertiary structure in three dimensions can tell us a lot about the biology of that protein. In this module's mini-lecture, we'll talk about some different methods used to determine a protein's tertiary structure and cover the main database for protein structure data, the PDB. In the lab we'll explore the PDB and an online tool for searching for structural (as opposed to sequence) similarity, VAST. We'll then use a nice piece of stand-alone software, PyMOL, to explore several protein structures in more detail....
Reading
4 vidéos (Total 32 min), 2 lectures, 1 quiz
Video4 vidéos
Lecture13 min
Lab Discussion16 min
Summary1 min
Reading2 lectures
Lecture Materials10 min
Lab 3 -- Structural Bioinformatics30 min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Lab 3 Quiz6 min
Semaine
4
Heures pour terminer
10 minutes pour terminer

Review: Protein Motifs, Protein-Protein Interactions, and Protein Structure

...
Reading
1 quiz
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Quiz: Protein Motifs, Protein-Protein Interactions, and Protein Structure10 min
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Orientation de carrière

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Avantage de carrière

83%

a bénéficié d'un avantage concret dans sa carrière grâce à ce cours
Promotion de carrière

12%

a obtenu une augmentation de salaire ou une promotion

Meilleurs avis

par RGApr 6th 2017

Gives the student real world exposure to the tools to study proteins gene regulation, etc. Instructor is involved and friendly. Highly recommended for someone who is interested in contemporary

par NMJan 9th 2018

Hi Nicholas, Thank you so much for giving a lot of information. Bioinformatic Methods II was little difficult but understood after repeating the lad discussions. Thanks a lot.

Enseignant

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Nicholas James Provart

Professor
Cell & Systems Biology

À propos de University of Toronto

Established in 1827, the University of Toronto is one of the world’s leading universities, renowned for its excellence in teaching, research, innovation and entrepreneurship, as well as its impact on economic prosperity and social well-being around the globe. ...

Foire Aux Questions

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