À propos de ce cours
4.8
24 notes
8 avis

100 % en ligne

Commencez dès maintenant et apprenez aux horaires qui vous conviennent.

Dates limites flexibles

Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.

Niveau intermédiaire

None required but you should be familiar with basic aspects of plant and molecular biology. Bioinformatic Methods I and II would be good preparation

Approx. 11 heures pour terminer

Recommandé : 6 weeks of hands-on study, plus 2 evaluation weeks. The hands-on modules will take 2-4 hours of time...

Anglais

Sous-titres : Anglais

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None required but you should be familiar with basic aspects of plant and molecular biology. Bioinformatic Methods I and II would be good preparation

Approx. 11 heures pour terminer

Recommandé : 6 weeks of hands-on study, plus 2 evaluation weeks. The hands-on modules will take 2-4 hours of time...

Anglais

Sous-titres : Anglais

Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1
3 heures pour terminer

Plant Genomic Databases, and useful sites for info about proteins

In this module we'll be exploring several plant databases including Ensembl Plants, Gramene, PLAZA, SUBA, TAIR and Araport. The information in these databases allows us to easily identify functional regions within gene products, view subcellular localization, find homologs in other species, and even explore pre-computed gene trees to see if our gene of interest has undergone a gene duplication event in another species, all at the click of a mouse!...
4 vidéos (Total 44 min), 4 lectures, 1 quiz
4 vidéos
Mini-lecture17 min
Lab Discussion23 min
Summary1 min
4 lectures
Acknowledgements10 min
Course Logistics10 min
Mini-lecture Notes10 min
Lab 1 -- Plant Genomic Databases and Tools for Exploring Protein Information30 min
1 exercice pour s'entraîner
Lab Quiz 1
Semaine
2
2 heures pour terminer

Expression Analysis

Vast databases of gene expression and nifty visualization tools allow us to explore where and when a gene is expressed. Often this information can be used to help guide a search for a phenotype if we don't see a phenotype in a gene mutant under "normal" growth conditions. We explore several tools for Arabidopsis data (eFP Browser, Genevestigator, TraVA DB, Araport) along with NCBI's Genome Data Viewer for RNA-seq data for other plant species. We also examine the MPSS database of small RNAs and degradation products to see if our example gene has any potential microRNA targets....
4 vidéos (Total 38 min), 2 lectures, 1 quiz
4 vidéos
Mini-lecture17 min
Lab Discussion18 min
Summary50s
2 lectures
Mini-lecture Notes10 min
Lab 2 -- Expression Analysis30 min
1 exercice pour s'entraîner
Lab Quiz 2
Semaine
3
2 heures pour terminer

Coexpression Tools

Being able to group genes by similar patterns of expression across expression data sets using algorithms like WGCNA is a very useful way of organizing the data. Clusters of genes with similar patterns of expression can then be subject to Gene Ontology term enrichment analysis (see Module 5) or examined to see if they are part of the same pathway. What's even more powerful is being able to identify genes with similar patterns of expression without doing a single expression profiling experiment, by mining gene expression databases! There are several tools that allow you to do this in many plant species simply by entering a query gene identifier. The genes that are returned are often in the same biological process as the query gene, and thus this "guilt-by-association" paradigm is a excellent tool for hypothesis generation....
4 vidéos (Total 29 min), 2 lectures, 1 quiz
4 vidéos
Mini-lecture9 min
Lab Discussion16 min
Summary49s
2 lectures
Mini-lecture Notes10 min
Lab 3 -- Coexpression Tools30 min
1 exercice pour s'entraîner
Lab Quiz 3
Semaine
4

Sectional Quiz 1

...
1 quiz
1 exercice pour s'entraîner
Sectional Quiz 1
4.8
8 avisChevron Right

Meilleurs avis

par QRMar 10th 2019

Very good course for mastering bioinformatics skills. Genetics and molecular biology students/professionals should take this course to augment their research skills.

par FSFeb 22nd 2019

Professor Provart is very good and the labs taught us in simple and direct instructions how to perform a wide range of analysis regarding Plant Bioinformatics.

Enseignant

Avatar

Nicholas James Provart

Professor
Cell & Systems Biology

À propos de Université de Toronto

Established in 1827, the University of Toronto is one of the world’s leading universities, renowned for its excellence in teaching, research, innovation and entrepreneurship, as well as its impact on economic prosperity and social well-being around the globe. ...

Foire Aux Questions

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