Neurohacking describes how to use the R programming language (https://cran.r-project.org/) and its associated package to perform manipulation, processing, and analysis of neuroimaging data. We focus on publicly-available structural magnetic resonance imaging (MRI). We discuss concepts such as inhomogeneity correction, image registration, and image visualization.
Introduction to Neurohacking In R
Offert par
Introduction to Neurohacking In R
Université Johns-Hopkins
À propos de ce cours
11,345 consultations récentes
Résultats de carrière des étudiants
25%
ont commencé une nouvelle carrière après avoir terminé ce cours
11%
ont bénéficié d'un avantage concret dans leur carrières grâce à ce cours
Compétences que vous acquerrez
Image ProcessingBrainR ProgrammingNeurology
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Niveau intermédiaire
Approx. 12 heures pour terminer
Recommandé : 4 weeks of study, 2-4 hours/week
Anglais
Sous-titres : Anglais
Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours
1 heure pour terminer
Introduction
1 heure pour terminer
3 vidéos (Total 30 min), 1 lecture, 1 quiz
1 lecture
Syllabus10 min
1 exercice pour s'entraîner
Theme 1 Quiz16 min
2 heures pour terminer
Neuroimaging: Formats and Visualization
In this section, we will discuss different formats that brain images come in, as well as some of the commonly done magnetic resonance imaging (MRI) scans.
2 heures pour terminer
7 vidéos (Total 74 min)
7 vidéos
The NIfTI Format9 min
Basic Visualization 19 min
Basic Visualization 29 min
Basic Data Manipulation9 min
Transformations and Smoothing14 min
Basic MRI Contrasts9 min
6 exercices pour s'entraîner
Theme 2 Lecture 1 Quiz10 min
Theme 2 Lecture 2 Quiz10 min
Theme 2 Lecture 3 Quiz10 min
Theme 2 Lecture 4 Quiz10 min
Theme 2 Lecture 5 Quiz10 min
Theme 2 Lecture 6 Quiz10 min
3 heures pour terminer
Image Processing
In this section, we will discuss the steps done to process brain MRI data. We will discuss inhomogeneity correction, brain extraction or skull stripping, and various image registration techniques.
3 heures pour terminer
9 vidéos (Total 71 min)
9 vidéos
Registration15 min
fslr: System Requirements8 min
Bias Field Correction Using fslr3 min
Brain Extraction using fslr5 min
Image Registration Using fslr5 min
Installing ANTsR5 min
Basic Data Manipulation with ANTsR4 min
Pre-Processing with ANTSR7 min
9 exercices pour s'entraîner
Theme 3 Quiz 110 min
Theme 3 Quiz 210 min
Theme 3 Quiz 312 min
Theme 3 Quiz 410 min
Theme 3 Quiz 510 min
Theme 3 Quiz 610 min
Theme 3 Quiz 710 min
Theme 3 Quiz 810 min
Theme 3 Quiz 910 min
3 heures pour terminer
Extended Image Processing
In this section, we will discuss the different types of registration and how one would go through processing a multi-sequence MRI scan, as well as wrapper functions that make the process much easier. We also cover interactive exploration of brain image data and tissue-level (white/gray matter and cerebrospinal fluid (CSF)) segmentation from a T1-weighted image.
3 heures pour terminer
11 vidéos (Total 101 min), 1 lecture, 10 quiz
11 vidéos
Co-Registration using fslr9 min
Co-Registration using ANTsR9 min
Wrapper Functions for Processing Pipelines8 min
Across-Visit Co-Registration of T1 Images6 min
Rigid Registration to a Template8 min
Affine Registration of T1 to Template4 min
Nonlinear Registration of T1 to Template6 min
Getting ROI Anatomic Information from Non-Linear Registration12 min
Tissue-Level Segmentation7 min
Papayar: Interactively Viewing Images in R22 min
1 lecture
Papayar Script10 min
10 exercices pour s'entraîner
Theme 4 Quiz 110 min
Theme 4 Quiz 210 min
Theme 4 Quiz 36 min
Theme 4 Quiz 410 min
Theme 4 Quiz 510 min
Theme 4 Quiz 610 min
Theme 4 Quiz 710 min
Theme 4 Quiz 810 min
Theme 4 Quiz 910 min
Theme 4 Quiz 1010 min
Avis
4.6
Meilleurs avis pour INTRODUCTION TO NEUROHACKING IN R
par BRFeb 8, 2017
I like that this course goes through most necessary steps, my only suggest would be to have one additional week where you go through everything all together, and then do some simple group analysis.
par SJMay 7, 2019
Thank you for the wonderful course. Especially useful when the team explains every new line of code. As a current undergraduate and aspiring neuroscience researcher, this is tremendously helpful.
par ANJul 17, 2017
Perfect! Precise to the subject and provides a lot of hands-on details, which is, unfortunately, something that most other similar courses don't do. Absolutely loved it!
par HEDec 16, 2019
A very useful and informative course. An organized, well prepared, and focused course. Thanks to the fabulous team. I learned a lot of stuff related to neuroimaging.
par JSJan 18, 2017
It would have been better if there were practical exercises, nevertheless it was very comprehensive for basic procedures of fMRI analysis.
par SAAug 19, 2019
it would be great if can create a specialization for this course going in more depth like making your own dti films etc.
par MTApr 4, 2018
Great concise walk-through of neuro-imaging techniques. Low quality audio and a lot of background noise though.
par ASAug 25, 2017
I am really appreciate this course. Its good to have a structured course on these complex topics.
par LHOct 7, 2019
A nice introduction to neurohacking in R. I would recommend this course for beginners.
par BBJan 29, 2020
Thanks for the course. It was a nice course with good explanation. I enjoyed learning.
par SSAug 20, 2017
Perhaps links to some materials regarding explanation of the data could be provided.
par SSSep 3, 2016
An excellent introduction to neuroimaging analysis! Tank you.
À propos de Université Johns-Hopkins
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
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