Neurohacking describes how to use the R programming language (https://cran.r-project.org/) and its associated package to perform manipulation, processing, and analysis of neuroimaging data. We focus on publicly-available structural magnetic resonance imaging (MRI). We discuss concepts such as inhomogeneity correction, image registration, and image visualization. By the end of this course, you will be able to: Read/write images of the brain in the NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) format Visualize and explore these images Perform inhomogeneity correction, brain extraction, and image registration (within a subject and to a template).
Offert par
Université Johns-Hopkins
À propos de ce cours
18,091 consultations récentes
Compétences que vous acquerrez
Image ProcessingBrainR ProgrammingNeurology
Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours
Semaine
11 heure pour terminer
Introduction
3 vidéos (Total 30 min), 1 lecture, 1 quiz
1 lecture
Syllabus10 min
1 exercice pour s'entraîner
Theme 1 Quiz16 min
Semaine
22 heures pour terminer
Neuroimaging: Formats and Visualization
In this section, we will discuss different formats that brain images come in, as well as some of the commonly done magnetic resonance imaging (MRI) scans.
7 vidéos (Total 74 min), 6 quiz
7 vidéos
The NIfTI Format9 min
Basic Visualization 19 min
Basic Visualization 29 min
Basic Data Manipulation9 min
Transformations and Smoothing14 min
Basic MRI Contrasts9 min
6 exercices pour s'entraîner
Theme 2 Lecture 1 Quiz10 min
Theme 2 Lecture 2 Quiz10 min
Theme 2 Lecture 3 Quiz10 min
Theme 2 Lecture 4 Quiz10 min
Theme 2 Lecture 5 Quiz10 min
Theme 2 Lecture 6 Quiz10 min
Semaine
33 heures pour terminer
Image Processing
In this section, we will discuss the steps done to process brain MRI data. We will discuss inhomogeneity correction, brain extraction or skull stripping, and various image registration techniques.
9 vidéos (Total 71 min), 9 quiz
9 vidéos
Registration15 min
fslr: System Requirements8 min
Bias Field Correction Using fslr3 min
Brain Extraction using fslr5 min
Image Registration Using fslr5 min
Installing ANTsR5 min
Basic Data Manipulation with ANTsR4 min
Pre-Processing with ANTSR7 min
9 exercices pour s'entraîner
Theme 3 Quiz 110 min
Theme 3 Quiz 210 min
Theme 3 Quiz 312 min
Theme 3 Quiz 410 min
Theme 3 Quiz 510 min
Theme 3 Quiz 610 min
Theme 3 Quiz 710 min
Theme 3 Quiz 810 min
Theme 3 Quiz 910 min
Semaine
43 heures pour terminer
Extended Image Processing
In this section, we will discuss the different types of registration and how one would go through processing a multi-sequence MRI scan, as well as wrapper functions that make the process much easier. We also cover interactive exploration of brain image data and tissue-level (white/gray matter and cerebrospinal fluid (CSF)) segmentation from a T1-weighted image.
11 vidéos (Total 101 min), 1 lecture, 10 quiz
11 vidéos
Co-Registration using fslr9 min
Co-Registration using ANTsR9 min
Wrapper Functions for Processing Pipelines8 min
Across-Visit Co-Registration of T1 Images6 min
Rigid Registration to a Template8 min
Affine Registration of T1 to Template4 min
Nonlinear Registration of T1 to Template6 min
Getting ROI Anatomic Information from Non-Linear Registration12 min
Tissue-Level Segmentation7 min
Papayar: Interactively Viewing Images in R22 min
1 lecture
Papayar Script10 min
10 exercices pour s'entraîner
Theme 4 Quiz 110 min
Theme 4 Quiz 210 min
Theme 4 Quiz 36 min
Theme 4 Quiz 410 min
Theme 4 Quiz 510 min
Theme 4 Quiz 610 min
Theme 4 Quiz 710 min
Theme 4 Quiz 810 min
Theme 4 Quiz 910 min
Theme 4 Quiz 1010 min
4.6
35 avis25%
ont commencé une nouvelle carrière après avoir terminé ce cours
11%
ont bénéficié d'un avantage concret dans leur carrières grâce à ce cours
Meilleurs avis pour Introduction to Neurohacking In R
I like that this course goes through most necessary steps, my only suggest would be to have one additional week where you go through everything all together, and then do some simple group analysis.
Thank you for the wonderful course. Especially useful when the team explains every new line of code. As a current undergraduate and aspiring neuroscience researcher, this is tremendously helpful.
Enseignants
Dr. Elizabeth Sweeney
Rice Academy Postdoctoral FellowBiostatistics
Ciprian M. Crainiceanu
ProfessorBiostatstics
John Muschelli III
Assistant ScientistBiostatistics
À propos de Université Johns-Hopkins
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Foire Aux Questions
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