Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)

Loading...

En provenance du cours de Saint Petersburg State University

Введение в биоинформатику (Introduction to Bioinformatics)

47 notes

Saint Petersburg State University

Введение в биоинформатику (Introduction to Bioinformatics)

47 notes

Курс «Введение в биоинформатику» адресован тем, кто хочет получить расширенное представление о том, что такое биоинформатика и как она помогает биологам и медикам в их работе. The course is aimed at those who would like to have a better idea of what bioinformatics is and how it helps biologists and medical scientists in research and clinical work.

À partir de la leçon

Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)

Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутся данные, с которыми нам предстоит работать в дальнейшем. <br>The first week of our course covers the basic concepts of genome bioinformatics. You will learn about the history of this discipline, the main methods and algorithms. Also you will familiarize yourself with actual laboratory work - we will explain how DNA is extracted and where the sequencing data comes from.

Введение в биоинформатику (Introduction to Bioinformatics)4:55

Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)3:48

Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)6:44

Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)6:51

Rencontrer les enseignants

Alla L Lapidus
Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology
Николай Вяххи
Павел Добрынин
Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Михаил Райко
Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Екатерина Черняева
Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

[МУЗЫКА] А теперь давайте

повнимательнее посмотрим на то, что из себя представляет секвенсный проект.

Любой секвенсный проект начинается с выделения биологического материала,

первичную структуру которого вы хотите определить.

Далее вы создаёте библиотеки, то есть трансформируете молекулы таким образом,

чтобы их можно было нанести на секвенирующий инструмент.

После того как ваш секвенирующий инструмент отработал,

вы получаете информацию о первичной структуре в формате,

которая в дальнейшем может быть использована компьютерными программами.

После этого наступает этап анализа данных,

а также их интерпретации, о сложности которого мы с вами уже говорили.

Идеальным результатом любого секвенсного проекта является простое

изложение полученных результатов, воспользоваться которыми

могут учёные и медики разного опыта обращения с данными.

Так кто же такой биоинформатик?

Биолог — это человек, который работает с молекулами в лаборатории,

он собирает молекулярные данные о ДНК, РНК,

белковом секвенсе, экспрессии генов и так далее.

Программист, математик, статистик — это человек,

который создаёт программы, алгоритмы для хранения и анализа данных.

А кто ж такой биоинформатик?

Это человек, который должен владеть и теми, и другими данными и быть в состоянии

ответить на биологические вопросы с помощью анализа молекулярных данных.

Ниже приведён перечень лишь некоторых вопросов,

которые стоят перед микробной геномикой.

И начнём мы со сборки генома.

Сборка генома представляет собой очень сложную компьютерную задачу, и объясняется

это тем, что необходимо собрать воедино огромное количество маленьких фрагментов.

Идеальным выходом, результатом работы программы, собирающей геном,

должно явиться восстановление всех хромосом просеквенированного организма.

Однако это почти никогда не происходит в силу того, что геномы сложны,

и в результате мы получаем неполностью восстановленный геном.

De Novo сборку генома можно сравнить с пазлом,

состоящим из огромного количества маленьких фрагментов, но без рисунка.

Первым этапом этой сборки является оптимальный выбор библиотек,

то есть это лабораторный метод, а также подбор правильной секвенсной технологии,

наилучшим образом подходящей к данному конкретному проекту.

Следующим этапом является очистка полученных секвенсных данных от

информации, не имеющей отношения к просеквенированному нами геному.

Следующий этап — это непосредственно сборка.

Для этого необходимо выбрать правильный сборщик, так называемый «ассемблер»,

а, кроме того, параметр и настройки сборки,

чтобы получить максимально хороший результат.

Однако практически никогда не удаётся получить полностью восстановленный

геном на этапе автоматической сборки.

Поэтому следующим этапом является этап финиширования.

То есть задача этого этапа — исправить все ошибки и по возможности

восстановить полностью геном, то есть каждую хромосому, каждый ампликон.

А пока попробуйте восстановить картинку,

спрятавшуюся за кучкой этих разноцветных фрагментов.

[МУЗЫКА]

[МУЗЫКА] [МУЗЫКА]

Explorer notre catalogue

Rejoignez-nous gratuitement et obtenez des recommendations, des mises à jour et des offres personnalisées.

Coursera propose un accès universel à la meilleure formation au monde, en partenariat avec des universités et des organisations du plus haut niveau, pour proposer des cours en ligne.

© 2018 Coursera Inc. Tous droits réservés.

Télécharger dans l'App Store

Disponible sur Google Play