À propos de ce cours

25,567 consultations récentes

Résultats de carrière des étudiants

67%

ont commencé une nouvelle carrière après avoir terminé ce cours

60%

ont bénéficié d'un avantage concret dans leur carrières grâce à ce cours

25%

a obtenu une augmentation de salaire ou une promotion
Certificat partageable
Obtenez un Certificat lorsque vous terminez
100 % en ligne
Commencez dès maintenant et apprenez aux horaires qui vous conviennent.
Dates limites flexibles
Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.
Approx. 15 heures pour terminer
Anglais

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Offert par

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Université technique du Danemark (DTU)

Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Évaluation du contenuThumbs Up96%(1,254 notes)Info
Semaine
1

Semaine 1

4 heures pour terminer

From sampling to sequencing

4 heures pour terminer
10 vidéos (Total 112 min), 13 lectures, 2 quiz
10 vidéos
Welcome14 min
Introduction to metagenomics10 min
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects10 min
Introduction to antimicrobial resistance11 min
Sampling for surveillance18 min
Sampling at farms and slaughterhouses14 min
Sample storage2 min
Isolation of DNA from complex samples10 min
Sample processing for viral metagenomics7 min
Sequencing platforms12 min
13 lectures
Glossary20 min
Get started !5 min
Introduction to metagenomics2 min
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects2 min
Introduction to antimicrobial resistance2 min
Sampling for surveillance5 min
Sampling at farms and slaughterhouses2 min
Sample storage2 min
Isolation of DNA from complex samples2 min
Notes on library preparation5 min
Sequencing platforms10 min
Assessment case-study - part 15 min
Assessment case study - part 22 min
2 exercices pour s'entraîner
Module 1 assessment - part 130 min
Module 1 assessment - part 230 min
Semaine
2

Semaine 2

3 heures pour terminer

FROM READS TO RESULTS

3 heures pour terminer
6 vidéos (Total 64 min), 11 lectures, 1 quiz
6 vidéos
Overview of available metagenomic analysis tools7 min
MGmapper13 min
ResFinder database5 min
Demo of metagenomic classification using KRAKEN16 min
Real example of metagenomic analysis - lessons learned14 min
11 lectures
General introduction to bioinformatics analysis of metagenomics data5 min
Overview of available metagenomic analysis tools10 min
MGmapper10 min
MGmapper - Best mode vs Full mode10 min
ResFinder database3 min
Assessment case-study - part 310 min
Samples sheet10 min
Report A - FastQC results10 min
Report B - MGmapper results10 min
Report C - KRAKEN results10 min
Report D10 min
1 exercice pour s'entraîner
Module 2 assessment30 min
Semaine
3

Semaine 3

8 heures pour terminer

Interpretation of results and potential of metagenomics for surveillance

8 heures pour terminer
6 vidéos (Total 81 min), 16 lectures, 6 quiz
6 vidéos
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads15 min
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 1)10 min
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 2)16 min
Application of metagenomics in surveillance - opportunities and challenges21 min
Farewell3 min
16 lectures
Virtual Machine setup1 h
Analysis and visualization of read count data10 min
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads10 min
Application of metagenomics in surveillance - methods10 min
Potential of metagenomics for surveillance10 min
Challenges of metagenomics for surveillance10 min
Assessment case-study - part 45 min
Report D10 min
Epidemiology sheet and Report E10 min
Introduction5 min
Final quiz - section I - Sampling10 min
Final quiz - section II - Quality control30 min
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30 min
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results10 min
Final quiz - section V - Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context10 min
Extra material for final assessment10 min
6 exercices pour s'entraîner
Module 3 assessment30 min
Final quiz - section I - Sampling18 min
Final quiz - section II - Quality control30 min
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30 min
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results30 min
Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context30 min

Avis

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Foire Aux Questions

D'autres questions ? Visitez le Centre d'Aide pour les Etudiants.