À propos de ce cours
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Heures pour terminer

Approx. 17 heures pour terminer

Recommandé : 3 weeks of study, 1-3 hours/week...
Langues disponibles

Anglais

Sous-titres : Anglais
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Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1
Heures pour terminer
3 heures pour terminer

From sampling to sequencing

In this module, you will be introduced to metagenomics, some of the considerations and controls that need to be in place in a metagenomics study, and to the topic of antimicrobial resistance. You will also learn about: 1) Sampling and sample handling - the considerations behind a sampling plan, how to perform sampling in practice, and how sample storage can affect metagenomics results; 2) DNA and RNA extraction methods - both for bacterial and viral microorganisms; 3) Sequencing - from library preparation to the basics of different sequencing technologies....
Reading
10 vidéos (Total 112 min), 13 lectures, 2 quiz
Video10 vidéos
Welcome14 min
Introduction to metagenomics10 min
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects10 min
Introduction to antimicrobial resistance11 min
Sampling for surveillance18 min
Sampling at farms and slaughterhouses14 min
Sample storage2 min
Isolation of DNA from complex samples10 min
Sample processing for viral metagenomics7 min
Sequencing platforms12 min
Reading13 lectures
Glossary20 min
Get started !5 min
Introduction to metagenomics2 min
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects2 min
Introduction to antimicrobial resistance2 min
Sampling for surveillance5 min
Sampling at farms and slaughterhouses2 min
Sample storage2 min
Isolation of DNA from complex samples2 min
Notes on library preparation5 min
Sequencing platforms10 min
Assessment case-study - part 15 min
Assessment case study - part 22 min
Quiz2 exercices pour s'entraîner
Module 1 assessment - part 18 min
Module 1 assessment - part 212 min
Semaine
2
Heures pour terminer
3 heures pour terminer

FROM READS TO RESULTS

In this module, you will be introduced to the basics of bioinformatics analysis of metagenomics data, including the different types of analysis possible and the different algorithms available. You will then learn about quality control, MGmapper and KRAKEN (two freely available bioinformatics pipelines), and ResFinder (a database of antimicrobial resistance genes). An example from a real study will demonstrate some of the challenges of a bioinformatics analysis. ...
Reading
6 vidéos (Total 64 min), 11 lectures, 1 quiz
Video6 vidéos
Overview of available metagenomic analysis tools7 min
MGmapper13 min
ResFinder database5 min
Demo of metagenomic classification using KRAKEN16 min
Real example of metagenomic analysis - lessons learned14 min
Reading11 lectures
General introduction to bioinformatics analysis of metagenomics data5 min
Overview of available metagenomic analysis tools10 min
MGmapper10 min
MGmapper - Best mode vs Full mode10 min
ResFinder database3 min
Assessment case-study - part 310 min
Samples sheet10 min
Report A - FastQC results10 min
Report B - MGmapper results10 min
Report C - KRAKEN results10 min
Report D10 min
Quiz1 exercices pour s'entraîner
Module 2 assessment24 min
Semaine
3
Heures pour terminer
8 heures pour terminer

Interpretation of results and potential of metagenomics for surveillance

In this module you will learn about two different approaches to analyse and interpret sequence reads - classification and assembly. You will see examples of methods to vizualize read counts and to analyze metagenomics together with explanatory data. Last, you will learn the potential of metagenomics for the development of a future global and integrated surveillance, and the challenges you may encounter during that process ...
Reading
6 vidéos (Total 81 min), 15 lectures, 6 quiz
Video6 vidéos
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads15 min
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 1)10 min
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 2)16 min
Application of metagenomics in surveillance - opportunities and challenges21 min
Farewell3 min
Reading15 lectures
Virtual Machine setups
Analysis and visualization of read count data10 min
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads10 min
Application of metagenomics in surveillance - methods10 min
Potential of metagenomics for surveillance10 min
Challenges of metagenomics for surveillance10 min
Assessment case-study - part 45 min
Report D10 min
Epidemiology sheet and Report E10 min
Introduction5 min
Final quiz - section I - Sampling10 min
Final quiz - section II - Quality control30 min
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30 min
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results10 min
Final quiz - section V - Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context10 min
Quiz6 exercices pour s'entraîner
Module 3 assessment10 min
Final quiz - section I - Sampling18 min
Final quiz - section II - Quality control30 min
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30 min
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results30 min
Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context30 min

Enseignants

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Ana Sofia Ribeiro Duarte

Assistant Professor
National Food Institute
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Sünje Johanna Pamp

Associate Professor
Research Group for Genomic Epidemiology, Technical University of Denmark
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Liese Van Gompel

PhD Candidate Epidemiology
Utrecht University, Institute for Risk Assessment Sciences (IRAS)
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Pimlapas Leekitcharoenphon

PostDoc
Research Group for Genomic Epidemiology, DTU Food

À propos de Technical University of Denmark (DTU)

DTU focuses on research in technical and natural sciences that contributes to the development of society. As an industrially orientated university, our goal is to supply high-level international research based on combining theory with constructing models and empirical methods....

Foire Aux Questions

  • Une fois que vous êtes inscrit(e) pour un Certificat, vous pouvez accéder à toutes les vidéos de cours, et à tous les quiz et exercices de programmation (le cas échéant). Vous pouvez soumettre des devoirs à examiner par vos pairs et en examiner vous-même uniquement après le début de votre session. Si vous préférez explorer le cours sans l'acheter, vous ne serez peut-être pas en mesure d'accéder à certains devoirs.

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D'autres questions ? Visitez le Centre d'Aide pour les Etudiants.