À propos de ce cours
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Dates limites flexibles

Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.

Approx. 19 heures pour terminer

Recommandé : 3 weeks of study, 1-3 hours/week...

Anglais

Sous-titres : Anglais

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Les étudiants prenant part à ce Course sont

  • Biologists
  • Scientists
  • Researchers
  • Pharmacists
  • Medical Doctors

Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1
3 heures pour terminer

From sampling to sequencing

10 vidéos (Total 112 min), 13 lectures, 2 quiz
10 vidéos
Welcome14 min
Introduction to metagenomics10 min
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects10 min
Introduction to antimicrobial resistance11 min
Sampling for surveillance18 min
Sampling at farms and slaughterhouses14 min
Sample storage2 min
Isolation of DNA from complex samples10 min
Sample processing for viral metagenomics7 min
Sequencing platforms12 min
13 lectures
Glossary20 min
Get started !5 min
Introduction to metagenomics2 min
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects2 min
Introduction to antimicrobial resistance2 min
Sampling for surveillance5 min
Sampling at farms and slaughterhouses2 min
Sample storage2 min
Isolation of DNA from complex samples2 min
Notes on library preparation5 min
Sequencing platforms10 min
Assessment case-study - part 15 min
Assessment case study - part 22 min
2 exercices pour s'entraîner
Module 1 assessment - part 18 min
Module 1 assessment - part 212 min
Semaine
2
3 heures pour terminer

FROM READS TO RESULTS

6 vidéos (Total 64 min), 11 lectures, 1 quiz
6 vidéos
Overview of available metagenomic analysis tools7 min
MGmapper13 min
ResFinder database5 min
Demo of metagenomic classification using KRAKEN16 min
Real example of metagenomic analysis - lessons learned14 min
11 lectures
General introduction to bioinformatics analysis of metagenomics data5 min
Overview of available metagenomic analysis tools10 min
MGmapper10 min
MGmapper - Best mode vs Full mode10 min
ResFinder database3 min
Assessment case-study - part 310 min
Samples sheet10 min
Report A - FastQC results10 min
Report B - MGmapper results10 min
Report C - KRAKEN results10 min
Report D10 min
1 exercices pour s'entraîner
Module 2 assessment24 min
Semaine
3
8 heures pour terminer

Interpretation of results and potential of metagenomics for surveillance

6 vidéos (Total 81 min), 16 lectures, 6 quiz
6 vidéos
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads15 min
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 1)10 min
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 2)16 min
Application of metagenomics in surveillance - opportunities and challenges21 min
Farewell3 min
16 lectures
Virtual Machine setup1 h
Analysis and visualization of read count data10 min
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads10 min
Application of metagenomics in surveillance - methods10 min
Potential of metagenomics for surveillance10 min
Challenges of metagenomics for surveillance10 min
Assessment case-study - part 45 min
Report D10 min
Epidemiology sheet and Report E10 min
Introduction5 min
Final quiz - section I - Sampling10 min
Final quiz - section II - Quality control30 min
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30 min
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results10 min
Final quiz - section V - Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context10 min
Extra material for final assessment10 min
6 exercices pour s'entraîner
Module 3 assessment10 min
Final quiz - section I - Sampling18 min
Final quiz - section II - Quality control30 min
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30 min
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results30 min
Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context30 min
4.7
14 avisChevron Right

67%

a commencé une nouvelle carrière après avoir terminé ces cours

60%

a bénéficié d'un avantage concret dans sa carrière grâce à ce cours

25%

a obtenu une augmentation de salaire ou une promotion

Principaux examens pour Metagenomics applied to surveillance of pathogens and antimicrobial resistance

par MDMay 31st 2019

I learned a lot, they covered complex analysis topics in a clear, understandable way. I would recommend this course to anyone interested in microbial metagenomic analysis.

Enseignants

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Ana Sofia Ribeiro Duarte

Assistant Professor
National Food Institute
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Sünje Johanna Pamp

Associate Professor
Research Group for Genomic Epidemiology, Technical University of Denmark
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Liese Van Gompel

PhD Candidate Epidemiology
Utrecht University, Institute for Risk Assessment Sciences (IRAS)
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Pimlapas Leekitcharoenphon

PostDoc
Research Group for Genomic Epidemiology, DTU Food

À propos de Université technique du Danemark (DTU)

DTU focuses on research in technical and natural sciences that contributes to the development of society. As an industrially orientated university, our goal is to supply high-level international research based on combining theory with constructing models and empirical methods....

Foire Aux Questions

  • Une fois que vous êtes inscrit(e) pour un Certificat, vous pouvez accéder à toutes les vidéos de cours, et à tous les quiz et exercices de programmation (le cas échéant). Vous pouvez soumettre des devoirs à examiner par vos pairs et en examiner vous-même uniquement après le début de votre session. Si vous préférez explorer le cours sans l'acheter, vous ne serez peut-être pas en mesure d'accéder à certains devoirs.

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