À propos de ce cours

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Niveau débutant

Approx. 25 heures pour terminer

Russe

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Enseignants

Image de l'enseignant, Alla L Lapidus

Alla L Lapidus 

Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology
9,094 étudiants
2 cours
Image de l'enseignant, Николай Вяххи

Николай Вяххи 

9,094 étudiants
2 cours
Image de l'enseignant, Павел  Добрынин

Павел Добрынин 

Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
9,094 étudiants
2 cours
Image de l'enseignant, Михаил Райко

Михаил Райко 

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
9,094 étudiants
2 cours
Image de l'enseignant, Екатерина Черняева

Екатерина Черняева 

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
9,094 étudiants
2 cours

Offert par

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Université d'État de Saint-Pétersbourg

Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1

Semaine 1

1 heure pour terminer

Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)

1 heure pour terminer
8 vidéos (Total 61 min)
8 vidéos
Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)3 min
Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)6 min
Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)6 min
Знакомство с методами выделения геномной ДНК (Genomic DNA Isolation techniques overview) (13:49)13 min
Определение количества и качества ДНК (DNA quality and quantity control) (07:37)7 min
Подготовка ДНК-библиотек для секвенатора Illumina MiSeq (DNA-library preparation for Illumina MiSeq platform) (13:21)13 min
Запуск секвенатора Illumina MiSeq (Illumina MiSeq sequencer running) (03:25)3 min
1 exercice pour s'entraîner
Тест 1 (Quiz 1)20 min
Semaine
2

Semaine 2

1 heure pour terminer

Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)

1 heure pour terminer
4 vidéos (Total 41 min)
4 vidéos
Обзор технологий нового поколения (NGS Technologies Overview)7 min
454, Ion Torrent, SOLiD, Illumina14 min
Synthetic Long Reads, PacBio, Oxford Nanopore9 min
1 exercice pour s'entraîner
Тест 2 (Quiz 2)20 min
Semaine
3

Semaine 3

1 heure pour terminer

Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)

1 heure pour terminer
6 vidéos (Total 50 min)
6 vidéos
Форматы данных, шкала Phred (Data Formats, Phred Scale)4 min
Проверка качества. FastQC (Quality Check. FastQC)10 min
Пример - часть 1 (Case Study - part 1)9 min
Пример - часть 2 (Case Study - part 2)8 min
Введение в Linux (Introduction to Linux)13 min
1 exercice pour s'entraîner
Тест 3 (Quiz 3)20 min
Semaine
4

Semaine 4

2 heures pour terminer

Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)

2 heures pour terminer
7 vidéos (Total 72 min)
7 vidéos
Сборка ДНК de novo - часть 2 (De novo DNA assembly - part 2)15 min
Алгоритмы (Algorithms)6 min
Сложность алгоритмов (Algorithms Complexity)9 min
Overlap Layout Concensus9 min
Графы де Брюйна (De Bruijn Graphs)8 min
Алгоритмы сборки геномов (Genome Assembly Algorithms)10 min
1 exercice pour s'entraîner
Тест 4 (Quiz 4)20 min

Foire Aux Questions

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