À propos de ce cours
4.6
49 notes
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Approx. 24 heures pour terminer

Recommandé : 5 hours/week...
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Russe

Sous-titres : Russe
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Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1
Heures pour terminer
1 heure pour terminer

Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)

Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутся данные, с которыми нам предстоит работать в дальнейшем. <br>The first week of our course covers the basic concepts of genome bioinformatics. You will learn about the history of this discipline, the main methods and algorithms. Also you will familiarize yourself with actual laboratory work - we will explain how DNA is extracted and where the sequencing data comes from....
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8 vidéos (Total 61 min), 1 quiz
Video8 vidéos
Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)3 min
Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)6 min
Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)6 min
Знакомство с методами выделения геномной ДНК (Genomic DNA Isolation techniques overview) (13:49)13 min
Определение количества и качества ДНК (DNA quality and quantity control) (07:37)7 min
Подготовка ДНК-библиотек для секвенатора Illumina MiSeq (DNA-library preparation for Illumina MiSeq platform) (13:21)13 min
Запуск секвенатора Illumina MiSeq (Illumina MiSeq sequencer running) (03:25)3 min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Тест 1 (Quiz 1)20 min
Semaine
2
Heures pour terminer
1 heure pour terminer

Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)

Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя будет посвящена обзору методов секвенирования ДНК. Вы узнаете об истории развития этих технологий и принципах, на которых они основаны. <br>Welcome to the second week of the course! This week will be dedicated to Next Generation DNA Sequencing technologies. You will learn about the new methods development and main approaches that gave base to NGS....
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4 vidéos (Total 41 min), 1 quiz
Video4 vidéos
Обзор технологий нового поколения (NGS Technologies Overview)7 min
454, Ion Torrent, SOLiD, Illumina14 min
Synthetic Long Reads, PacBio, Oxford Nanopore9 min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Тест 2 (Quiz 2)20 min
Semaine
3
Heures pour terminer
1 heure pour terminer

Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)

На этой неделе вы уже можете приступить к работе над геномным проектом. В лекциях мы поговорим о формате представления исходных данных и контроле качества. Также мы подготовили для вас небольшое введение в операционную систему Linux, так как большинство необходимых нам программ разработаны именно для нее. <br>This week your can start working on the real genome project. This week lectures will cover raw data formats and aspects of quality control. Also we offer you a brief introduction to the Linux, because the majority of bioinformatics tools developed for this operation system....
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6 vidéos (Total 50 min), 1 quiz
Video6 vidéos
Форматы данных, шкала Phred (Data Formats, Phred Scale)4 min
Проверка качества. FastQC (Quality Check. FastQC)10 min
Пример - часть 1 (Case Study - part 1)9 min
Пример - часть 2 (Case Study - part 2)8 min
Введение в Linux (Introduction to Linux)13 min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Тест 3 (Quiz 3)20 min
Semaine
4
Heures pour terminer
2 heures pour terminer

Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)

Добро пожаловать на четвертую неделю нашего курса. Она будет посвящена сборке геномов de novo. Вы узнаете о различных подходах к секвенированию малоизученных организмов, и о проблемах, которые при этом возникают. Также мы расскажем о работе алгоримов, используемых при сборке новых геномов. Оставайтесь с нами! <br>Welcome to the fourth week of our course. It will be dedicated to de novo genome assembly. You will hear about different sequencing approaches of unknown organisms, and the problems associated with this task. We will also talk about algorithms used for the assembly of new genomes. Stay tuned!...
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7 vidéos (Total 72 min), 1 quiz
Video7 vidéos
Сборка ДНК de novo - часть 2 (De novo DNA assembly - part 2)15 min
Алгоритмы (Algorithms)6 min
Сложность алгоритмов (Algorithms Complexity)9 min
Overlap Layout Concensus9 min
Графы де Брюйна (De Bruijn Graphs)8 min
Алгоритмы сборки геномов (Genome Assembly Algorithms)10 min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Тест 4 (Quiz 4)20 min

Enseignants

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Alla L Lapidus

Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology
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Павел Добрынин

Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
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Михаил Райко

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
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Екатерина Черняева

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

À propos de Saint Petersburg State University

The Saint-Petersburg University (SPbU) is a state university, located in Saint-Petersburg, Russia. Founded in 1724, SPbU is the oldest institution of higher education in Russia. At present, there are more than 30 000 students in SPbU studying 398 programmes...

Foire Aux Questions

  • Une fois que vous êtes inscrit(e) pour un Certificat, vous pouvez accéder à toutes les vidéos de cours, et à tous les quiz et exercices de programmation (le cas échéant). Vous pouvez soumettre des devoirs à examiner par vos pairs et en examiner vous-même uniquement après le début de votre session. Si vous préférez explorer le cours sans l'acheter, vous ne serez peut-être pas en mesure d'accéder à certains devoirs.

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