À propos de ce cours
4.9
17 notes
1 avis
100 % en ligne

100 % en ligne

Commencez dès maintenant et apprenez aux horaires qui vous conviennent.
Dates limites flexibles

Dates limites flexibles

Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.
Niveau débutant

Niveau débutant

Heures pour terminer

Approx. 12 heures pour terminer

Recommandé : 6 недель, 3-8 часов в неделю...
Langues disponibles

Russe

Sous-titres : Russe...
100 % en ligne

100 % en ligne

Commencez dès maintenant et apprenez aux horaires qui vous conviennent.
Dates limites flexibles

Dates limites flexibles

Réinitialisez les dates limites selon votre disponibilité.
Niveau débutant

Niveau débutant

Heures pour terminer

Approx. 12 heures pour terminer

Recommandé : 6 недель, 3-8 часов в неделю...
Langues disponibles

Russe

Sous-titres : Russe...

Programme du cours : ce que vous apprendrez dans ce cours

Semaine
1
Heures pour terminer
1 heure pour terminer

Week 1 - Introduction (Введение)

The first week of our course will be dedicated to an overview of metagenomics. You will learn what metagenomics studies are and why this field of study has gained popularity in the current times. You will get acquainted with the basic approaches of metagenomic bioinformatics and with the specificity of the metagenomic analytical approaches used for the analysis of natural microbial communities. Первая неделя нашего курса знакомит с метагеномикой. Вы узнаете что изучает метагеномика и почему она возникла в наши дни. Вы познакомитесь с основными подходами метагеномной биоинформатики и особенностями аналитических подходов, применяемых для анализа природных микробных сообществ. ...
Reading
6 vidéos (Total 33 min)
Video6 vidéos
«Microbes run the World» (Микробы правят миром)3 min
«Applications of Bioinformatics» (Биоинформатические приложения)8 min
«Analytical Approaches» (Аналитические подходы)3 min
«Metagenomic Project» (Метагеномный проект)8 min
«Assembly of Metagenomes» (Сборка метагеномов)6 min
Semaine
2
Heures pour terminer
1 heure pour terminer

Week 2 - Experimental Data (Экспериментальные данные)

Welcome to the second week of our course! This week is dedicated to experimental metagenomic data. We start with metagenomic DNA (mDNA) isolation and go on to sequencing and analysis to understand what is so special about this type of data. <br> Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя посвящена экспериментальным метагеномным данным. Мы пройдем от выделения метагеномной ДНК (мДНК) к ее секвенированию и анализу и поймем чем вызваны особенности этих данных и способов их получения. ...
Reading
7 vidéos (Total 46 min), 1 quiz
Video7 vidéos
Metagenomic Approaches (Метагеномные подходы)5 min
Sequencing Approaches (Подходы к секвенированию)7 min
Analytical Pipelines (Аналитические подходы)5 min
Target Sequencing (Таргетное секвенирование)6 min
Sequencing Platforms (Сиквенсные платформы)8 min
Bioinformatics Algorithms: Genome as a String (Биоинформатические алгоритмы: геном как строка)7 min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Тест 1.20 min
Semaine
3
Heures pour terminer
1 heure pour terminer

Week 3 - Analytical Approaches: 16s analysis (Аналитические подходы: анализ 16S)

This week we are going to explain how the analysis of the 16S rRNA gene sequences helps evaluate microbial diversity in metagenomic communities. You will learn about the databases that store already existing 16S sequences, and will be introduced to the analytical program QIIME, which will help you when you transition to working on metagenomic projects using real data. На этой неделе мы познакомим вас с тем, как анализ последовательностей генов 16S рРНК позволяет оценить микробное разнообразие метагеномных проб. Расскажем о базах данных, которые хранят накопленную уже информацию о 16S сиквенсах и представим аналитическую программу QIIME, которая будет вам весьма полезна в вашей работе с реальными данными метагеномных проектов. ...
Reading
4 vidéos (Total 41 min), 1 quiz
Video4 vidéos
16S (16S рРНК)6 min
16S Databases (Базы данных 16S)6 min
Data Analysis in QIIME (Aнализ данных с помощью QIIME)18 min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Тест 220 min
Semaine
4
Heures pour terminer
1 heure pour terminer

Week 4 - Analytical Approaches: Binning (Аналитические подходы: биннинг)

Welcome to the fourth week of the course. It will be devoted to binning. Don’t know what that is? Then you will be even more interested to discover what the basis of this analytical approach is and how it helps simplify the analysis of very complex metagenomic data. Stay with us! Добро пожаловать на четвертую неделю курса. Она будет посвящена биннингу. Вы не знаете что это такое? Тогда вам тем более будет интересно узнать на чем основан этот аналитический подход и как он помогает упростить задачу анализа очень сложных метагеномных данных. Оставайтесь с нами! ...
Reading
5 vidéos (Total 43 min), 1 quiz
Video5 vidéos
MyCC Binning Tool (Программа MyCC)8 min
Binning Algorithms (Алгоритмы биннинга)10 min
Supervised and Unsupervised Binning (Контролируемый и Неконтролируемый Биннинг)8 min
Clustering (Кластеризация)7 min
Quiz1 exercice pour s'entraîner
Тест 310 min

Enseignants

Avatar

Alla L Lapidus

Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology
Avatar

Михаил Райко

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Павел Добрынин

Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Екатерина Черняева

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

À propos de Saint Petersburg State University

The Saint-Petersburg University (SPbU) is a state university, located in Saint-Petersburg, Russia. Founded in 1724, SPbU is the oldest institution of higher education in Russia. At present, there are more than 30 000 students in SPbU studying 398 programmes...

Foire Aux Questions

  • Une fois que vous êtes inscrit(e) pour un Certificat, vous pouvez accéder à toutes les vidéos de cours, et à tous les quiz et exercices de programmation (le cas échéant). Vous pouvez soumettre des devoirs à examiner par vos pairs et en examiner vous-même uniquement après le début de votre session. Si vous préférez explorer le cours sans l'acheter, vous ne serez peut-être pas en mesure d'accéder à certains devoirs.

  • Lorsque vous achetez un Certificat, vous bénéficiez d'un accès à tout le contenu du cours, y compris les devoirs notés. Lorsque vous avez terminé et réussi le cours, votre Certificat électronique est ajouté à votre page Accomplissements. À partir de cette page, vous pouvez imprimer votre Certificat ou l'ajouter à votre profil LinkedIn. Si vous souhaitez seulement lire et visualiser le contenu du cours, vous pouvez accéder gratuitement au cours en tant qu'auditeur libre.

D'autres questions ? Visitez le Centre d'Aide pour les Etudiants.